アトムの記憶が蘇ったことを知ったお茶の水博士は、全ての秘密をアトムに打ち明ける。それはアトムの生みの親が天馬博士で、アトムは天馬博士の息子トビオの代わりに作られ、捨てられたという事だった。その頃アトムに敗れたアトラスは、天馬博士の手によってさらにパワーアップして再生された。アトラスは徳川財閥の宇宙港を破壊するために月へ向かっていく。アトラスの暴走を止めるために月へ向かうアトム。

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