海から謎の物体が引き上げられる。お茶の水博士が調べてみると、それは20年前に、使われることなく海底に廃棄された金星ロボットだった。アトムは、自分たちが何のために作られたかを忘れてしまった金星ロボットが、海底で町を作り、使命を与えてくれるキャプテンを待っていることを知るのだった。しかし、もう一人、金星ロボットの存在を知った人がいた。天馬博士だ。彼は自らキャプテンと名乗り、金星ロボットを操って、彼らの持つ冷却装置で、メトロシティを凍らせようとする。

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