ジオシティの落成式に訪れたお茶の水博士とアトム。ジオシティは、地上の環境維持のため、地下に作られた理想都市だった。しかし都市の設計者セバスチャン博士は、この地下都市に欠かせない環境システムがにせものであることに気づく。このままこの町を作動させると、汚染は地下から全地球にまで及ぶ恐れがあるのだ。マニー市長は名誉のためにこの都市を作ったのだが、環境修復システムにかけるお金が惜しくなったのだった。

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