記憶が蘇り、お茶の水博士のもとに戻ったアトムだったが、天馬博士はそんなアトムを執拗に追い求める。そしてついに強行手段に出る。ロボット犬を使って、科学省を乗っ取ったのだ。科学省を占拠した天馬博士の要求は一つ。「アトムと2人きりで話をさせてくれ……」。天馬博士の手には、科学省を爆発させるための爆弾が握られていた。 1人科学省に乗り込み、アトムはついに天馬博士と対決する。場所は第7プラント。天馬博士にとってその場所は、息子トビオにまつわる因縁の場所だったのだ。天馬博士がなぜ息子の代わりに作ったアトムを捨てたのか? その秘密が徐々に明かされていく。

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