1996年のオリンピックで驚異的な新記録が次々に打ち立てられ、世界は「超人類の出現!」と囃し立てる。さらに「超人類」たちの活躍は芸術や科学の分野にもおよび、世界は「超人類」たちのおかげで飛躍的な進歩を遂げようとしてた。しかし同じ時、ブラック・ジャックは90才の老人のように使い古された内臓を持つ少女の死に立ち会い、愕然となる。超人類たちとこの少女との間に隠されていた陰謀の魔の手が、真相を突き止めようとするブラック・ジャックに伸びる…。

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