ルナによって届けられたデータから、MF兵器を量産した人類軍は、戦況を逆転させるべく大反撃計画を推し進めていた。3年間の戦いに傷つき、ネオロイダーとしての寿命がつきかけていたキャシャーンも作戦に協力し、人類軍の反撃は半ば成功したかに見えた。しかし、それを嘲笑うブライキング・ボス。人類をこのまま野放しにしていれば環境汚染が進み、やがて地球は滅びてしまう。東博士の命令を曲解して彼は、人類を根絶やしにすることなく拘束することで、環境の再生を図ろうとしていたのだ。

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