世界征服を狙う悪の組織ギャラクターの野望を挫くため、国際科学技術庁の南部博士は極秘に結成した少年少女による特殊部隊「科学忍者隊」に出撃命令を下す。世界に混乱を巻き起こすギャラクターの作戦の数々に、科学忍者隊は決死の戦いを挑む。

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