ついに機械生命体・エデンが始動。その中枢にいるイヴは、無意識下でエデンに近づく全てを攻撃する。ティアーユの話では、完全に吸収される前にイヴを取り除けばエデンは停止するという。掃除屋同盟の仲間たちはもちろん、ニュースでエデンのことを知ったキョウコやシャルデン、仲間の元へ帰ったリオン、そしてセフィリアら時の番人(クロノ・ナンバーズ)と共に、トレインたちはイヴ救出を開始。エデンへの侵入を試みる。

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