地球軌道上に浮かぶ宇宙ステーション"ミッドナイトバズーカ"。 そこはシャトル発着基地でもあり、月基地(ムーンベース)との連絡基地でもある。 ある日、ミッドナイトバズーカへ、有力資源"液化プロトン"を積載した輸送船"フライング・ダッチマン"が、15年ぶりに訪れる。 ミッドナイトバズーカ艦長・ダンと輸送船船長・マリアは久しぶりの再会を果たし、空白の15年間を語り合う。 そんな時、シャトルが一機、ステーションに近づいてくる。 ゲートを開くと、武装したテロリスト達が一斉にステーションへ突入! 彼らの目的は、液化プロトンを使った月基地(ムーンベース)爆破だった。 月基地(ムーンベース)破壊を阻止するべく、ダンとマリアはテロリスト達に立ち向かう。

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