キルトガングに対し、徹底抗戦を唱える"迎撃派"と選ばれた人類による脱出を目指す"方舟派"。テッペイがキルトガンクとして覚醒したことをきっかけに、両派の対立は深まりを見せる。そんななか"迎撃派"の西久保司令はテッペイに、天海道でコールドスリープ中である嵐エイジの身柄を確保するよう命令を下すのだった。アカリとともに天海道へ向かうテッペイは"方舟派"工作員の妨害をくぐり抜け"遺伝子上の父"と対面を果たす。

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