17才の女子高生・星野古都は、憧れのゲームキャラ「巫女ファイター美鈴」のように、どんな時にも勇気を忘れない女の子に変わりたいと願っていた。友達にそそのかされ、その美鈴の聖地である修学旅行先の出雲で、美鈴のコスプレをして「生まれ変わる」為の儀式を行おうとしていた。その途中、偶然透明のコスモブレスを拾う。何者かに導かれるかのように、ブレスを身につけ突如出現した古代の神殿へ昇っていく古都。いつの間にかブレスが赤くなっていることに気づかず、思わず神殿でキメポーズ。すると古代鏡が光り出し、その中へ吸い込まれそうになる。その危機を救ったのはコス∞プレイヤーのリーダー・クルス。古都のブレスを見て、全てを悟ったクルスは、遅れてやって来たスカーレット(シスタレイヤー)に古都を託し、自ら覚悟を決めたかのように古代鏡に引き込まれていく。そこへ駆けつけて来る残りのコス∞プレイヤーたち。次の瞬間、神殿が激しく振動し…。古都が目を覚ますと、状況は一変していた。彼女たち以外の人々は消え、その代わりに巨大な暗黒の塔が出現していた。そこから飛来したお札が変形し、"ヤオの者"と呼ばれる怪物がコス∞プレイヤーたちの前に立ちはだかる。だが、この程度の敵なら私一人で十分だと、スカーレットだけで戦いに挑む。それもそのはず、コス∞プレイヤーとはISO(国際シャーマン連盟)に所属するコスモポリタンプレイヤーズの略称であり、"巫力"で変身(チャームアップ)して魔を祓う"祈闘師"(PRAYER)のことだったのだ。シスタレイヤーとなったスカーレットは「御祓いモード」にチェンジし、ヤオの者だけでなく暗黒の塔まで浄化。すると太陽神アマテラスの娘・タキツヒメが姿を現し、彼女たちに告げた。邪神が古都を騙し日本全国に暗黒の塔を打ち立ててアマテラスを封印。この世界を元通りにするには、全ての塔を浄化しアマテラスを復活させるしかないと…。

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