国木田高校の裏サイトで行われていた3年A組生徒の格付けランキングが、全員同じ点数になり、スクールカーストはなくなったかのように思われた。3Aの雰囲気は明るくなり、生徒たちは「馬場ちゃん来てからクラスの空気変わったよね」と、スクールカーストがなくなったのは、亜矢子(米倉涼子)のお蔭だとみんなが感謝する。そんな中、生徒たちの携帯電話に一斉メールで"真実は28番ロッカーの中に"という謎のメッセージが届いた。誰も使っていないはずの28番のロッカーを開けると、亜矢子を告発する怪文書が入っていた。その内容は、亜矢子が阿佐田(渡哲也)の指令を受け、スパイとして国木田高校に編入し、高校生を使って人体実験を行っているというものだった。翌日、"テレビをつけろ"という謎のメッセージが再び生徒たちに届く。教室のテレビをつけると、阿佐田がテレビ番組に出演していて、スクールカーストがイジメ問題の原因の一つであり、スクールカーストが崩壊してイジメがなくなりつつあるという事例を語っていた。亜矢子を信頼するようになっていた生徒たちも、自分たちが実験台にされていたのではないかと、亜矢子を疑い始める。正光(菅田将暉)は、3A全員に「俺ら全員、馬場亜矢子の手の上で転がされてたんだよ」と亜矢子への疑いを煽る。それでも亜矢子を信じようとする生徒と、亜矢子をスパイと見なす生徒に分かれ、揺れる3A。正光は、本当のことをはっきりさせるために、"魔女裁判"をやろうと亜矢子を挑発。「…はじまりは母の一言だった…」亜矢子は生徒たちの前で自分の壮絶な過去を初めて語り始める―――

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