平凡な"草食系男子"だった望月小太郎(三浦春馬)の体に、なぜか戦国時代の先祖"サムライ小太郎"が乗り移ってしまった。強くワイルドなサムライ小太郎のおかげでピンチを切り抜けた小太郎だが、自分の意志とはまったく無関係に行動するサムライ小太郎に大弱り。さらに翌日も元に戻らず、言葉遣いも行動も武士のままで、しまいには家族に「ふざけてる」と怒られてしまう。しかし小太郎に助けられた剛(城田優)は、すっかり小太郎に心酔し家来になると宣言する。そんななか、数学ワールドカップに出場する学校のスターで特Sクラスの黒田礼二(若葉竜也)に密着するため、テレビの取材クルーが千国学院にやってくる。彼らは来週行われる体育祭の騎馬戦での黒田の活躍をカメラに収めたいと希望するが、実は黒田は体育が苦手。そこで校長の亀井恭子(室井滋)はわざとほかの騎馬を負けさせ、黒田を勝たせることを決める。一方何も知らないサムライ小太郎は「騎馬に乗って相手を倒す戦(いくさ)」と聞き、意気揚々と剛とともに騎馬戦への出場を決める。そんな小太郎の行動をどこか不審に思ったあい(杏)は、話をしようと呼び出すが、サムライ小太郎はまたしてもあいを抱き寄せようとして…… 思いきりひっぱたかれてしまう。その瞬間、小太郎の体から、サムライ小太郎が抜け出たのだった。ようやく元の自分に戻った小太郎に、校長の命令を受けた三木サヤカ(市川実日子)が騎馬戦でわざと負けて欲しいと言い渡してくる。「社会に出て大人になればこういうことの繰り返し」と諭されしぶしぶ八百長を承知する小太郎だが…「こんなとき、サムライ小太郎だったらどうするだろう」と考えずにはいられなかった。そして体育祭当日を迎えた小太郎は――。

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