平凡な高校生・望月小太郎(三浦春馬)の体に、ある日突然、戦国時代の先祖"サムライ小太郎"が乗り移るようになってしまった。サムライ小太郎の活躍で数々のピンチを切り抜けてきた小太郎だが、幼なじみのあい(杏)が小太郎よりも男らしいサムライ小太郎を気に入っていることにもヤキモキ。いっぽう謎の図書館司書ひみこ(ミムラ)は小太郎に「このままでは、サムライ小太郎に体を乗っ取られてしまうかも」と不吉なことを言う。そんな中、高校3年の小太郎たちにとって最後の進路希望調査が始まる。進路の定まらない小太郎はまたしても憂鬱に。そして、小太郎は不登校のクラスメート・小清水和也(濱田岳)がこのままでは卒業すら危ういことを知る。不登校の原因は、エリート集団の特Sクラスから小太郎たちの普通クラスに落ちたことらしい。校長の恭子(室井滋)は担任のサヤカ(市川実日子)に和也を自主退学させるよう勧めるが、サヤカは卒業までの単位が足りなくなるあと3日以内に和也が登校するよう説得すると言う。小太郎はあいにいいところを見せたいという不純な動機もあり、サヤカと一緒に和也を説得する役割を買って出る。しかし文房具店を営む和也の家に着いたとたん、本人に「帰れ!」と水を浴びせられてしまう。翌日、小太郎は剛(城田優)やあいとともに再び和也の家を訪れ、和也の父が経営難から借金をし、悪徳金融業者につかまってしまったこと、そして和也の塾の学費も支払えなくなっていたことを知る。和也は絶望から不登校になり、自暴自棄になっていたのだ。とりつく島もない和也を前にくじけそうになる小太郎たちだったが、三度目の正直で和也にもう一度会いに行く。ところが、学校の屋上に上がった和也は「ここで死んでやる」と言い出す。和也を止めようとした小太郎だが、勢い余って手すりを乗り越えてしまう。2人は真っ逆さまに転落し、あいの悲鳴が響き渡る――――!

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