平凡な高校生・望月小太郎(三浦春馬)の体に、戦国時代の先祖"サムライ小太郎"が乗り移るようになって1ヶ月。小太郎の身にまたもや大事件がふりかかる!近所の河原にいるホームレスが襲われ、お金を奪われるという事件が起こり、何故か小太郎と剛(城田優)に容疑がかけられてしまったのだ。警察で事情聴取を受ける小太郎と剛は、必死に身の潔白を訴えるが、目撃証言による犯人の特徴が2人にぴったり一致している為、疑いは晴れないまま。証拠不十分でなんとか帰宅を許されたが、小太郎の母・圭子(キムラ緑子)は心配のあまり寝込み、妹・優奈(大後寿々花)は将来に絶望感を抱き、父・信二(岸谷五朗)は、家族を守る為会社をしばらく休むと言い出す始末。一方、剛は入院中の母・たまみ(山下容莉枝)にこのことを言い出せず、一人で悩んでいた。翌日、登校しなかった剛を心配した小太郎とあい(杏)、百合香(小林凉子)は剛の家へと向かう。しかし剛は「犯人にされてもいい」と言い捨てる。父親がいない上に母親が病気だから、お金に困ってやったのだろうと刑事に言われた剛は、深く傷つき、全てをあきらめてしまったのだ。そんな剛の姿を見た小太郎は、「俺が真犯人を見つけてやる」と飛び出して行く。被害者のホームレス・山本(モロ師岡)を探しあてた小太郎は、奪われた1万円は山本が娘からもらったお金で、娘の名前を書き入れお守りがわりに大切にしていたものだと聞く。そして山本から真犯人を見つける鍵を得た小太郎は、サッカー部・岩永(賀来賢人)、大越(鈴之助)の元へと乗り込むのだが・・・ 岩永・大越とその仲間達にとり囲まれ、多勢に無勢の小太郎。しかも、ピンチになるといつも現れる"サムライ小太郎"が今日に限って現れない!!!小太郎はこのピンチをどう乗り切るのか?!

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