9人のE遺伝子ホルダーが地球の運命を賭けて戦う、その名も『ストーンフォレスト作戦』。目標は原細胞の殲滅と巨大な戦艦型の撃退だ。キャパ&ニュートン/ガンジー&スーホ/ジャック&ジェロニモ&ガウディ&ハンターという組み合わせで、それぞれの配置についたホルダー達。あまりにも膨大な数の侵略体を相手に、ホルダー達はどのように立ち向かうのか…。同じころ、しおはトンネル入り口を守る戦艦型と一人で対峙し…。

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