1998年、アメリカ合衆国中西部ラクーンシティ郊外で多発する猟奇殺人事件。その事件の調査のため、ラクーン市警所属の特殊部隊S.T.A.R.S."ブラヴォーチーム"が派遣された。新人隊員"レベッカ・チェンバース"を含めた6名は、調査対象地域であるアークレイ山地へヘリで向かうが、その上空で突然のエンジン停止。パイロットの懸命の操縦で死者を出すことなく不時着に成功するが、ヘリは大破してしまう。そこで隊員たちが発見したのは、横転した軍用車両と、死亡した軍人、そして残された死刑囚の移送指示書。
そこに記されていたのは、"ビリー・コーエン"少尉の名前であった。
隊長であるエンリコの指示により、散開して周辺の捜索を開始するブラヴォーチーム。レベッカは一人、生い茂る木々がより闇を深くする森の中を捜索し、停車した列車を発見する。人の気配が感じられない列車へ、慎重に歩を進めるレベッカ。そして、レベッカは列車に足を踏み入れる。そこが悪夢への入り口とも知らずに…

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