JJとクルーズ部長が突然失踪した。BAUのメンバーたちはJJが国務省に異動していた頃、極秘任務に就いていたことを知る。この失踪事件で司法省、国防総省、国務省が大慌てだということは、救出が優先されない可能性があるため、チームがなんとしても2人を救出するしか方法はない。リードとガルシアは国家機密区分情報施設に行き、極秘任務について調べるうち、JJがストラウス、クルーズと一緒に、中東にいる写真を発見した。誰も知らなかった空白の過去が埋まるとき、過酷な運命の歯車が回り始める。

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