惑星ナブーの戦いから10年後。アナキンはパドメ・アミダラが命を狙われた為、護衛に付いていたが、お互いに惹かれ合う。一方、銀河共和国は、昔ジェダイであったドゥークー伯爵により新たな脅威にさらされていく。そして、オビ=ワン・ケノービはある惑星で大量のクローンが製造されている光景を目にする。やがて、アナキンとパドメ、そしてオビ=ワンはクローン戦争に引き込まれていく。

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