ロンドンに住む作曲家ロジャーとダルメシアン犬ポンゴは、公園で素敵な女性アニータと愛犬パディータに出会います。やがてロジャーとアニータは結婚、ポンゴとパディータは15匹のかわいい子犬に恵まれます。
ところがある晩、毛皮好きの悪女クルエラに子犬たちが誘拐されてしまいます。子犬たちを探すため、ポンゴは"遠吠え"で犬の仲間に協力を求めます。ポンゴのSOSは犬から犬へと伝わり、ついに子犬たちが郊外のクルエラの館にいることを突き止めます。
愛しい子供を救いたい一心で、遠い道のりを駆けつけたポンゴとパディータ。そこには、なんと99匹ものダルメシアンの子犬たちが!ポンゴとパディータ、子犬たち総勢101匹のハラハラ・ドキドキの脱出作戦が始まります!!

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