デズモンドの3年前。フィリピンに入港していたところでペニーが産気づき、賭場から医者をひっぱってきて生まれたのが男の子。後にその子をチャーリーと名付けていたことが分かる。
ペニーは夢に従ってオックスフォードに出かけようとするデズモンドを止めようとするがデズモンドは今回だけだと言って出ていく。

オックスフォード大ではファラデーが働いていた事実すら認めようとしない。だがデズモンドがカギのかかった屋根裏部屋をあけると確かにファラデーの使っていた器具やファラデーの写真がある。そこを見つけた校務員の話では、ファラデーのラボをかき回しに来たのはデズモンドが初めてではないこと、大学がファラデーの存在を抹消したのは、「あの女の子」にひどいことをしたせいだと分かる。

デズモンドはその女の子、テレサ・スペンサーを訪ねるとテレサはベッドに寝たきりで、死んだミンコフスキーと同じような、絶えず時間を行ったり来たりしている状態らしかった。そこでデズモンドはウィドモアがファラデーの研究に金を出していて、今もテレサの面倒を見ていることを知る。

デズモンドはウィドモアを訪ね、ファラデーの母の居場所を聞く。ウィドモアはロスにいると答えるが、「それ以上クビを突っ込んで娘の命を危険にさらすな」と言う。

デズモンドはヨットに戻りペニーに「ファラデーの母は死んでいた」と言うがすぐにウソがばれ、家族でロサンゼルスに行くことになる。

島では、ソーヤーたちがとらえた二人が話したラテン語によって、二人が「他のものたち」であることが判明。ジュリエットがそのカニンガムと「リチャード・アルパートに会わせろ」と取引すると、残りの一人、ジョーンズがカニンガムを殺して逃走。ロックがライフルを持っていたが「私の仲間だ」と言って撃てなかった。

ファラデーたちは別隊のエリーらに捕まり、キャンプに連行される。途中、マイルズが、米兵が死んでいることを感知。ファラデーはアルパートの前に連れ出された時米軍の科学者だとウソをつき「水爆を処理する」と言う。ファラデーは50年代に米軍が南太平洋で水爆実験をしたことと、島に放射線やけどの者がいることから言ったのだったが、実際に島には「ジャグヘッド」という名の、米軍が残した水爆があった。

ファラデーが爆弾を調べると外殻にひび割れがあり、そこから放射線が漏れていた。ファラデーはエリーに鉛でひびわれをふさぎ地中に埋めろと指示。その安全性の根拠をエリーに求められ思わず「50年後も島は無事だ」と言ってしまい、余計にエリーを警戒させる。だがソーヤーとジュリエットが出てきてエリーに銃を放棄させる。

ロックはキャンプに突入、アルパートに島を脱出する方法を聞こうとして、ジョーンズが「チャールズ・ウィドモア」であることを知る。さらにアルパートに方法を聞こうとしているうちに再び空が光り、キャンプは消失、ロックやソーヤーたちだけがキャンプ地に残される。しかし再びの時間移動でシャーロットはまた鼻血を出して倒れる。いよいよシャーロットの体に限界が訪れていた。

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