アベンジャーズの戦いで死んだと思われていたエージェント・コールソンが復職。彼は自らが選んだ精鋭エージェントたちで特別チームを作り行動していく。そんな中、ある爆発したビルの最上階から飛び降りて女性を救出した男の映像が公開されるが、映像の中の男が無傷であることから、シールド・メンバーはその謎の男の捜索に行く。一方、動画を公開した「ライジング・タイド」という組織の女性スカイを拘束するが、彼女は謎の男に連れ去られてしまう。謎の男はヒーローなのか、それとも・・・。

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