虚偽情報の提供によって、CIAとの協定違反に問われたデレフコに死刑の求刑が下される。しかし、この件に関するジャックの判断に不自然な点が多いことから、ヴォーンは独自に調査をしていた。一方、犯罪組織トライアドが開発中の次世代兵器に関する情報を追っていたシドニーが目にしたのは、スパイ養成教育を受ける子供達。シドニーは、このプロジェクトの責任者コロコフを拘束すべく自宅へ乗り込んだ。そこで見た3次元パズルに見覚えがあると感じたシドニーは、自ら希望して催眠療法を受け、信じ難い事実を突き止める。

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