スローンが姿を消し、アライアンスは元ドイツ情報部のガイガーを局長後任として選出した。ガイガーの調べにより、スローンが隠していた47番サーバーの存在が発覚。シドニーは、それがアライアンスのセントラル・サーバーであると直感しデータを回収する。しかし、データの真偽を確かめるためSD-6に戻ったジャックは、ガイガーに拘束されてしまう。シドニーは、ディクソンに真実を告げて協力を要請、そこで得た情報によってデータの信憑性が確認され、CIAはアライアンスの全施設に一斉攻撃をかける。

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