ベルリンでCIAエージェントのウォレスが爆死した。ウォレスは、マルコヴィッチ博士の極秘プロジェクト"ヘリックス"を探るため、レノックスとペアを組み潜入任務に当たっていた。シドニーとヴォーンは、行方不明のレノックス救出のためドミニカへ。この時ダウンロードしたデータから、ヘリックス計画とはコピー人間を作り出す遺伝子再配列の技術であることがわかった。ヘリックスの装置を回収するため、シドニーはレノックスを伴ってポーランドへ向かう。装置を発見し調べた結果、2回使われた形跡があった。そこに本物のレノックスだと名乗る男が現れる。

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