アライアンス崩壊を果たしたシドニーは、大学院卒業を節目にCIAに辞表を提出した。しかし卒業式の朝、スローンから電話が入り、アライアンス崩壊はすべて自分の策略だったと告げられる。その後スローンは、数学者のキャプラン一家を誘拐。その狙いは、キャプランの頭脳を利用して、その多くは兵器だというランバルディの作品を組み立てることだった。CIAでは、スローンが失踪直前に接触した男を調べ、スローンの行き先の手がかりをつかむ。

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