フランスの病原体の施設からエボラ菌が盗まれる。コヴナントが黒幕と睨んだNSCは、菌に感染し、捕まった犯人グループの一人、ボグダンの尋問をシドニーに依頼。犯人達が「第二の仕事」を控えていることを聞き出したシドニーは、犯人グループに潜入するのだが…。

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