遠い昔、はるかかなたの銀河系で…。
クローン戦争が全銀河系に広がる中、アナキン・スカイウォーカーとパダワンであるアソーカ・タノは、ジャバ・ザ・ハットの誘拐された息子を救出するという、危険な任務に乗り出す。
任務の重要性を察知した反乱軍のドゥークー伯爵は、これを是が非でも阻止せんと、最強の刺客アサージ・ヴェントレスを放つ。
一方前線では、クローンの大軍を率いたオビ=ワン・ケノービとマスター・ヨーダが、ドロイドの軍勢相手に激闘を繰り広げ、暗黒面のフォースに抵抗していた。

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