カリフォルニアの小さな町で生まれたジミー(ジェイク・ギレンホール)は、生まれながらにして無菌環境でなければ生きられないという運命を負っていた。両親は彼のために家の中に大きな無菌室=バブル・ルームを作り、溺愛し育てた。ある日、隣の家に越してきた美しいクロエ(マーリー・シェルトン)にジミーは心を奪われる。クロエもまたジミーを気に入り、二人は親友になった。ある日、クロエが酔っ払ってジミーの部屋を訪れる。「今日は私の誕生日なの」クロエはジミーにキスしようと、バブル・ルームの中に入ろうとしていた。「だっだめだよ!外の空気に触れたら僕死んじゃうんだ!」あくる日、クロエはジミーの部屋を訪れるが、そこには見知らぬ男マークが一緒だった。二人抱き合ってでかける姿を哀しく見送るジミーだが、彼にはどうすることもできなかった。やがて、クロエはついにマークとの結婚を決意する。クロエがお別れにくれたオルゴールには"I love you"の文字が・・・。「クロエを愛してる!誰にも渡したくない!結婚式を止めさせるんだ!ジミーはバブル・スーツを作り上げ、初めて一人外の世界へ踏み出した。果たしてジミーとクロエの運命は?

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