大規模テロ計画に関する情報の入ったハードディスクを追ってハバナに向かったシドニーが、任務を終えた直後に拉致されてしまった。意識を取り戻したシドニーは、自分が生きたまま棺桶に入れられ、墓場に埋められたことに気付く。その頃APOでは、シドニーからの情報をもとに回収したハードディスクが突然爆発し、神経性ガスが拡散したためにネットワークがダウンしてしまう。一刻を争うシドニーの救出作戦の使命を受けたのは、遅刻のため爆発を逃れたマーシャルだった。

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