ヴォーンがシドニーに衝撃の告白をした直後、何者かの車に激突されて二人は気を失う。意識を取り戻したシドニーは、CIAがヴォーンを二重スパイだと疑い、激突は仕組まれた脱出工作だと見ていることを知る。同じ頃、別の場所に監禁されたヴォーンは、カーティスという男からある暗号の解読を迫られる。相手の意表を突いて脱出に成功し、密かにシドニーと再会したヴォーンは、自分の本名と、父が生前に関わっていた"プロフェット5"という極秘プロジェクトについて告白。一方、昏睡状態のナディアを救う治療法を求め、刑務所で医学雑誌を読みふけるスローンを訪ねるジャック。ヴォーンの行方を探す手掛かりとして、スローンはルネ・リエンヌという女性の名前を挙げる。そして、APOに隠れてプロフェット5について探りはじめたシドニーとヴォーンを、再び悲劇が襲う。

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