ペイトンの拘束からなんとか逃れたシドニーは、APOへ遭難信号を送る。ところがマーシャルがその内容を聞き終わる前に、何者かによってその通信記録が消されてしまう。CIAの中でも最も高いAB権限を持つ者の仕業であることを突き止めたマーシャル。CIA内の各部のトップ7人の中にプロフェット5の協力者がいると確信したジャックたちは、シドニーからの通信記録を取り戻すために独自の作戦でCIA本部に潜入する。

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