人類の平和を守るためのアベンジャーズによる戦いは、全世界に拡大。
多くを救う反面、その人的・物的被害は膨大なものになり、ついにアベンジャーズは国際的な政府組織の管理下に置かれる事態に。
一般市民を危険にさらしたという、罪の意識を持つアイアンマンことトニー・スタークと自らの行動は自らが決めるべきという信念のキャプテン・アメリカことスティーブ・ロジャースは、それに強く反発する。
彼らの対立が生み出す一触即発の緊張の中、壮絶なテロ事件が発生。
犯人として、キャプテン・アメリカのかつての親友ウィンター・ソルジャーことバッキーが指名手配された。
“過去”を共にした無二の親友か、未来を共にするはずのアイアンマンら仲間との友情か。
ふたつの絆で揺れるキャプテン・アメリカの決断は、最強チーム<アベンジャーズ>を二つに引き裂く“禁断の戦い”を告げるものとなるのだった…

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