ウォータープレスとの決戦を決意した酋長ナバロは、999で惑星を脱出した宿敵ウォータープレスたちを旧式の宇宙船で追撃しようとする。一方、999から発信された救援信号でトレインジャックに気付いた管理局は、早速救援用の装甲車両を派遣した。しかし鉄郎たち人質がいては手も足も出ない。しかも旧式ロケットで追いついたナバロたちの、客車内への侵入を許してしまう。

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