「まゆ、この焼けた野原に花を植えなさい。そして小鳥や蝶を呼び戻すんだ。台羽、歴史を作れよ」マゾーンの侵略を阻止して地球に凱旋したハーロックたちだったが、彼らを待っていたのは地球追放命令だった。正たち若者のために海賊の解散を考えていたハーロックは、クルーだけでも恩赦を与えて欲しいと首相に頼むが、それすら拒絶されてしまう。そんな時、地球に眠っていたマゾーンが一斉に蜂起した。女王の言葉がこのことを暗示していたとハーロックは気付くが、時すでに遅く都市は廃墟と化してしまう。助けてくれと泣きつく首相を追い払ったハーロックたちだが、彼らは地球の未来のために最後の戦いを挑む。そして再び平和を取り戻すと、廃墟と化した地球を正たちに託し、自らは宇宙へと戻って行くのだった。

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