エテモンのネットワークに接続した光子郎のパソコンに、突然謎のメールが届いた。自分を助けてくれたら紋章のありかを教える、その言葉を信じてメールの差出人の元に向かう太一たち。ようやくたどりついたピラミッドで一行を待っていたのは、かつてエテモンに敗れて封印されたマシーンデジモン・ナノモンだった。ナノモンの封印を解こうとする太一たち。そこに現れ襲いかかるエテモン。間一髪でエテモンの妨害をかわしナノモンを救い出した太一だったが、事態は思いがけない方向に…。

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