アメリカからミミが一時帰国してきた。おりしもデジタルワールドへピクニックに行くところだった選ばれし子供たちと同行するミミ。ところが、不注意からミミは妙な場所へ落ちてしまう。なんとそこは、ダークタワーがそびえ立つカイザーの支配地域だった。そこでパルモンとの再会を果たしたミミは、京とホークモンを従えてタワーの破壊を高らかに宣言する。だが、その行く手を兄弟愛あふれるゴキモンブラザーズが立ち塞がる!

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