アルケニモンは誘拐した子供たちを盾に賢を拉致した。それを追いかける大輔たちだったが、同じく賢を狙うデーモンの部下と対決することに。一方、事件の黒幕である及川の元へ連れてこられた賢は、2年前の冒険の際に身体に埋め込まれた"暗黒の種"のデータを奪われていた。街では暗黒デジモンの非道な攻撃で無関係な人たちが巻き込まれいく。しかし京と伊織は生き物であるデジモンを殺すことはできないと、攻撃を躊躇してしまう。

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