ダスクモンに敗北して完全に打ちのめされた拓也は、闇のトレイルモンに乗って元の世界へ逃げ帰ってきた。だがその体は、人間でもデジモンでもない半獣半人のような姿に変わり果てていた。ひとまず家へと向かった拓也は、そこでもう一人の自分の姿を見る。初めてデジタルワールドに行った日に、時間の流れが戻っていたのだ。拓也は過去の自分がデジタルワールドに行かないよう、工作を試みるのだが…。

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