ある思いから、八神はやてが立ち上げた新設部隊『機動六課』。
なのはとフェイトも出向するその部隊に、はやてからのスカウトを受けるスバルとティアナ。一方、ミッドチルダ市街地では、不穏な機械兵器が活動を行っていた…。

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