武田軍相手にあくまで戦う姿勢を崩さない近藤康用（橋本じゅん）に対し、直虎（柴咲コウ）は兵力となる百姓たちを皆逃がし無力化することで、武田への帰順を迫る。しかし近藤は城に火を放ってこれに抵抗。怒った武田軍も里の家々に火をかけ、井伊谷は焦土と化してしまう。それから２年の月日が流れ、龍潭寺で直親の十三回忌法要が執り行われる。そこには成長した虎松（菅田将暉）の姿があった。
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（１）「井伊谷の少女」 -
（２）「崖っぷちの姫」
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（３）「おとわ危機一髪」
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（４）「女子（おなご）にこそあれ次郎法師」
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（５）「亀之丞帰る」
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（６）「初恋の別れ道」
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（７）「検地がやってきた」
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（８）「赤ちゃんはまだか」
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（９）「桶狭間に死す」
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（１０）「走れ竜宮小僧」
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（１１）「さらば愛しき人よ」
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（１２）「おんな城主直虎」
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（１３）「城主はつらいよ」
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（１４）「徳政令の行方」
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（１５）「おんな城主対おんな大名」
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（１６）「綿毛の案」
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（１７）「消された種子島」
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（１８）「あるいは裏切りという名の鶴」
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（１９）「罪と罰」
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（２０）「第三の女」
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（２１）「ぬしの名は」
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（２２）「虎と龍」
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（２３）「盗賊は二度仏を盗む」
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（２４）「さよならだけが人生か？」
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（２５）「材木を抱いて飛べ」
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（２６）「誰がために城はある」
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（２７）「気賀を我が手に」
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（２８）「死の帳面」
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（２９）「女たちの挽歌」
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（３０）「潰されざる者」
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（３１）「虎松の首」
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（３２）「復活の火」
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（３３）「嫌われ政次の一生」
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（３４）「隠し港の龍雲丸」
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（３５）「蘇えりし者たち」
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（３６）「井伊家最後の日」
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（３７）「武田が来たりて火を放つ」
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（３８）「井伊を共に去りぬ」
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（３９）「虎松の野望」
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（４０）「天正の草履番」
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（４１）「この玄関の片隅で」
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（４２）「長篠に立てる柵」
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（４３）「恩賞の彼方に」
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（４４）「井伊谷のばら」
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（４５）「魔王のいけにえ」
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（４６）「悪女について」
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（４７）「決戦は高天神」
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（４８）「信長、浜松来たいってよ」
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（４９）「本能寺が変」
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（５０）「石を継ぐ者」（最終回）
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