本能寺の変によって信長（市川海老蔵）は討ち取られ、直虎（柴咲コウ）の手助けによって家康（阿部サダヲ）は無事、三河へと戻る。明智が京を追われたと聞いた直虎は龍雲丸（柳楽優弥）と別れ、堺を後にする。井伊谷に戻った直虎は保護していた明智の遺児を逃がそうとするが、万千代（菅田将暉）はその身柄を徳川に引き渡すよう要求する。
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（１）「井伊谷の少女」 -
（２）「崖っぷちの姫」
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（３）「おとわ危機一髪」
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（４）「女子（おなご）にこそあれ次郎法師」
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（５）「亀之丞帰る」
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（６）「初恋の別れ道」
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（７）「検地がやってきた」
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（８）「赤ちゃんはまだか」
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（９）「桶狭間に死す」
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（１０）「走れ竜宮小僧」
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（１１）「さらば愛しき人よ」
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（１２）「おんな城主直虎」
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（１３）「城主はつらいよ」
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（１４）「徳政令の行方」
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（１５）「おんな城主対おんな大名」
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（１６）「綿毛の案」
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（１７）「消された種子島」
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（１８）「あるいは裏切りという名の鶴」
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（１９）「罪と罰」
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（２０）「第三の女」
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（２１）「ぬしの名は」
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（２２）「虎と龍」
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（２３）「盗賊は二度仏を盗む」
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（２４）「さよならだけが人生か？」
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（２５）「材木を抱いて飛べ」
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（２６）「誰がために城はある」
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（２７）「気賀を我が手に」
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（２８）「死の帳面」
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（２９）「女たちの挽歌」
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（３０）「潰されざる者」
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（３１）「虎松の首」
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（３２）「復活の火」
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（３３）「嫌われ政次の一生」
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（３４）「隠し港の龍雲丸」
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（３５）「蘇えりし者たち」
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（３６）「井伊家最後の日」
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（３７）「武田が来たりて火を放つ」
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（３８）「井伊を共に去りぬ」
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（３９）「虎松の野望」
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（４０）「天正の草履番」
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（４１）「この玄関の片隅で」
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（４２）「長篠に立てる柵」
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（４３）「恩賞の彼方に」
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（４４）「井伊谷のばら」
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（４５）「魔王のいけにえ」
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（４６）「悪女について」
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（４７）「決戦は高天神」
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（４８）「信長、浜松来たいってよ」
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（４９）「本能寺が変」
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（５０）「石を継ぐ者」（最終回）
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