ミレニアム完全版

40年前、ヴァンゲル一族が住むストックホルムの孤島ヘーデビーで忽然と姿を消した少女ハリエットの失踪事件。一族の重鎮ヘンリックは、姪の身に起こった真実の調査のため、名誉毀損で有罪判決を受けた雑誌「ミレニアム」のジャーナリスト、ミカエルを雇う。ミカエルは、調査員リスベットに協力を求める。背中にドラゴン・タトゥーを入れた彼女は、スウェーデン随一の天才ハッカーだった。

堅い殻に閉じこもって生きてきたリスベット。精神状態不安定という烙印を押され、後見人の保護観察下に置かれてきた彼女は、その頃、新任後見人の度重なる性的虐待に対し、想像を絶するような復讐を果たしていた。ミカエルとは、次第に心が通じ合うリスベット。ハリエットが日記に残した電話番号、生前の彼女を写した最後の写真・・・2人は、事件の真相に迫っていく。

ミカエルとリスベットが、富豪ヴァンゲル一族の事件を解決してから1年。スウェーデンの少女売春組織を追った特集号の発行準備を進めていた「ミレニアム」の担当ジャーナリストが、残忍な手口で殺害された。現場に残されていた銃から発見されたのは、リスベットの指紋だった。警察やマスコミが、彼女の行方を捜す中、ミカエルだけは、彼女の無実を確信し、真犯人を突きとめようとする。

ストックホルムを離れ、ミカエルにも行方を知られずに生きていたリスベット。しかし、今や指名手配中となった彼女は、事件に巻き込んだ親友ミリアム・ウーを助けるため、ミカエルにメールを送る、「ザラを探して」。"ザラ"の正体を追うミカエルは、国家的規模の犯罪組織の存在を知る。一方、リスベットは、彼女自身の壮絶な過去を清算するため、単身で"ザラ"との対決に向かっていた。

宿敵ザラチェンコと対決したリスベットは、瀕死の重傷を負い、ミカエルによって病院に運ばれた。ソ連のスパイだったザラチェンコの亡命を受け入れた政府公安警察内の秘密組織は、事件を通じて自たちの存在が明るみに出るのを恐れ、関係者全員の抹殺を始める。その標的の中で、最も重要な人物は、リスベットだった。そして、多くを知りすぎたミカエルにもまた、危険が迫っていた。

殺人事件の容疑で近く法廷に立つリスベット。ミカエルは、彼女の裁判に備えて動き出していた。雑誌「ミレニアム」の特別編集号の発行準備を進めながら、病院内のリスベットと密かに連絡を取り合う。なぜ彼女は12歳で精神病院に入れられ、「無能力者」として後見人制度下に置かれたのか。を動かしていた人物とは。真の敵とは誰なのか。すべてが法廷で明かされる。