SONIC X

• #1 超音速ヒーロー登場!
• #2 潜入!エリア99
• #3 Dr.エッグマンの野望
• #4 カオスエメラルドを手に入れろ!
• #5 激突!!ソニックvsナックルズ
• #6 熱戦!スクール・ウォーズ
• #7 大混戦!クリスのホームパーティ
• #8 緊急発進!Xトルネード
• #9 渚のエミー
• #10 激闘!ソニック野球軍
• #11 美しき怪盗ルージュ
• #12 エッグマン基地 総攻撃!(前編)
• #13 エッグマン基地 総攻撃!(後編)
• #14 英雄ソニックを追え!
• #15 移動要塞エッグフォート襲来!
• #16 目指せ!南海の沈没船
• #17 ナックルズ!怒りの鉄拳
• #18 サバンナの大決闘!
• #19 古城の亡霊キングブーブ
• #20 出撃!エッグフォートII
• #21 スピード勝負!ソニックvsサム
• #22 夏休み・チャオ～な観察日記
• #23 大混乱!6カオスエメラルド
• #24 暴走ソニック!捕獲大作戦
• #25 最後のカオスエメラルド
• #26 誕生!スーパーソニック
• #27 災いのはじまり
• #28 謎の生命体カオス
• #29 囚われのエミー
• #30 エッグキャリアの戦い
• #31 さすらいのガンマ
• #32 パーフェクトカオスの叫び
• #33 プロジェクト・シャドウの謎
• #34 逃亡者ソニック
• #35 プリズンアイランドからの脱出
• #36 宇宙からの脅迫
• #37 スペースコロニー・アークの戦い
• #38 マリアの願い、みんなの願い
• #39 カオティクス探偵事務所
• #40 エッグマン株式会社
• #41 光をわれらに!!
• #42 エミー、愛の逃避行!?
• #43 家電大パニック!!
• #44 おかしなおかしなスパイ大作戦
• #45 ソニックバトル・開催!!
• #46 ソニックバトル・決勝!!
• #47 緯度0大決戦!!
• #48 ソニック対地底怪獣
• #49 世界が静止する日
• #50 別れの朝
• #51 クリスの長い旅
• #52 風の思い出
• #53 流星雨の使者
• #54 宇宙船ブルータイフーン号
• #55 水の惑星ハイドー
• #56 Dr.エッグマン参戦!
• #57 アイスパレスの戦い
• #58 乙女のジャングルトラップ
• #59 カオティクス、宇宙へ行く
• #60 シャドウ・リバース
• #61 メタレックス戦艦襲来!
• #62 地下渓谷の秘密
• #63 宇宙要塞メタルプラント
• #64 激突!ソニックvsシャドウ
• #65 カオティクス 電撃ラブラブ大作戦
• #66 銀河回廊をわたれ!
• #67 ブラック・トラップ
• #68 こわれた星の上で
• #69 お願いマルモリン!
• #70 エッグマン艦隊現る!
• #71 カフェ・カオティクス
• #72 メタレックスの正体!?
• #73 暗殺者シャドウ!
• #74 ロスト・プラネット
• #75 森化の日
• #76 決戦!ダーク・オーク
• #77 君のためにできること
• #78 星の生まれるところ

• #1 超音速ヒーロー登場!
• #2 潜入!エリア99
• #3 Dr.エッグマンの野望
• #4 カオスエメラルドを手に入れろ!

• #5 激突!!ソニックvsナックルズ
• #6 熱戦!スクール・ウォーズ
• #7 大混戦!クリスのホームパーティ
• #8 緊急発進!Xトルネード

• #9 渚のエミー
• #10 激闘!ソニック野球軍
• #11 美しき怪盗ルージュ
• #12 エッグマン基地 総攻撃!(前編)
• #13 エッグマン基地 総攻撃!(後編)

• #14 英雄ソニックを追え!
• #15 移動要塞エッグフォート襲来!
• #16 目指せ!南海の沈没船
• #17 ナックルズ!怒りの鉄拳
• #18 サバンナの大決闘!

• #19 古城の亡霊キングブーブ
• #20 出撃!エッグフォートII
• #21 スピード勝負!ソニックvsサム
• #22 夏休み・チャオ～な観察日記
• #23 大混乱!6カオスエメラルド

• #24 暴走ソニック!捕獲大作戦
• #25 最後のカオスエメラルド
• #26 誕生!スーパーソニック
• #27 災いのはじまり
• #28 謎の生命体カオス

• #29 囚われのエミー
• #30 エッグキャリアの戦い
• #31 さすらいのガンマ
• #32 パーフェクトカオスの叫び
• #33 プロジェクト・シャドウの謎

• #34 逃亡者ソニック
• #35 プリズンアイランドからの脱出
• #36 宇宙からの脅迫
• #37 スペースコロニー・アークの戦い
• #38 マリアの願い、みんなの願い

• #39 カオティクス探偵事務所
• #40 エッグマン株式会社
• #41 光をわれらに!!
• #42 エミー、愛の逃避行!?
• #43 家電大パニック!!

• #44 おかしなおかしなスパイ大作戦
• #45 ソニックバトル・開催!!
• #46 ソニックバトル・決勝!!
• #47 緯度0大決戦!!
• #48 ソニック対地底怪獣

• #49 世界が静止する日
• #50 別れの朝
• #51 クリスの長い旅
• #52 風の思い出
• #53 流星雨の使者

• #54 宇宙船ブルータイフーン号
• #55 水の惑星ハイドー
• #56 Dr.エッグマン参戦!
• #57 アイスパレスの戦い
• #58 乙女のジャングルトラップ

• #59 カオティクス、宇宙へ行く
• #60 シャドウ・リバース
• #61 メタレックス戦艦襲来!
• #62 地下渓谷の秘密
• #63 宇宙要塞メタルプラント

• #64 激突!ソニックvsシャドウ
• #65 カオティクス 電撃ラブラブ大作戦
• #66 銀河回廊をわたれ!
• #67 ブラック・トラップ
• #68 こわれた星の上で

• #69 お願いマルモリン!
• #70 エッグマン艦隊現る!
• #71 カフェ・カオティクス
• #72 メタレックスの正体!?
• #73 暗殺者シャドウ!

• #74 ロスト・プラネット
• #75 森化の日
• #76 決戦!ダーク・オーク
• #77 君のためにできること
• #78 星の生まれるところ

Dr.エッグマンとのカオスエメラルド争奪戦の末、時空を越えて人間のいる世界にやってきたソニックが高速道路を駆けめぐる。そこへ高速パトロールのSチームが現れ、ソニックの暴走をくい止めようとするがあまりの早さに相手にならない。チェイスの末、ソニックは高速道路の切れ目に向かって走ってしまい、ある豪邸のプールへと落ちた。泳げないソニックはそこに住む少年クリスに助けられた。

クリスの家でソニックがTVを見ると、仲間のクリームとチーズが軍の研究所に捕まっていることを知った。クリスは祖父のチャックに相談し、研究所の場所を知ることが出来た。そしてソニックは研究所に潜り込み、クリームとチーズを救出することに。

Dr.エッグマンがロボットを引き連れて都市で大暴れを始めた。そして電波ジャックをして「この世界を私のものにする」と大々的に宣告した。クリスとテイルスは対抗するがピンチ。そこにナックルズとエミーもやってきて参戦。しかし苦戦してエミーがさらわれてしまう。万事休すか!?

前回の事件で大統領はソニックの存在、エッグマンの科学力に脅威を抱いていた。そしてクリスの学校の先生になりすましたエージェント(スチュワート先生)を送り込んだ。そんな時、機械を狂わせる謎の石が発見されたことが報道され、それがカオスエメラルドだと知ったソニックたちとエッグマンが現地に行って争奪戦をする。そしてクリスはカオスエメラルドをゲットしたが高いところから落ちそうになってしまう!

ソニックたちと別れ、単独行動を取っていたナックルズは街に身を潜めていた。そこへDrエッグマンが接触してきて「自分はカオスエメラルドを集めて元の世界に戻そうと思っている。今までの悪事はわびるからソニックをやっつけてくれ」と訴えた。ナックルズはその言葉に騙された。そのとき、正体不明の宝石が発見されたとの報道。実はエッグマンの企てた罠なのだがソニックたちと、ナックルズは向かった。そこでソニックとナックルズの対決が始まった。

学校の課外授業で校外に外出することになったクリスとそのクラスメートたち。Drエッグマンは世界征服するためには子供達を教育することが必要と思い、クリスたちに向けてあるロボットを送りつけた。そのロボットは非常に教育熱心なロボットだが暴走を始め、クリスたちを危機に陥れる。そこにソニックが駆けつけ、ロボットとの壮絶なバトルが始まる。

クリスの学校のスチュワート先生(実は大統領から派遣されたスパイ)が突然家庭訪問に来ることを知り、ソニックやテイルス、エミーとクリームとチーズのことを知られてはいけないと大慌てのクリス。もちろん、まだチャック以外の家の人にも知られていないので何とかしてエラやタナカに対しても隠し通そうとする。しかし、クリームとチーズが勝手に部屋を出てしまい大変なことに!

Drエッグマンが軍に監視されていることを知り、ロボット(E-11 ペリカン型)を使って人工衛星を飲みこんでしまった。そのせいで地上は大混乱。クリームが楽しみにしていたTV番組も見られなくなってしまった。ソニックが解決に向かうことになるが、宇宙空間までは行けない。そこでテイルスとチャックがトルネードを改造してソニックを載せ、エッグマンロボットを倒しに向かう。

リゾート施設のオープニングセレモニーにクリスが出席するのでみんなでクリスの家の別荘に行く。しかしソニックはどこかに行っていた。エミーは海を眺めながら「ソニックと一緒に来たかった・・・」と思う。そのときセレモニーの会場にDrエッグマンが現れ、エッグマンシーパークを創るためにロボットで大暴れ。ソニックに渡そうと思っていたお守りを壊されたエミーは激怒してロボットをやっつけたが、海に落ちてしまった!

取り壊されることが決まったスタジアムでカオスエメラルドが発見された。すかさず駆けつけるソニックたちだが、当然、エッグマンもやってきてにらみ合いが始まる。そこでチャックの提案で正々堂々とベースボールで勝負しようということになり、Drエッグマンチームとソニックチームの野球によるカオスエメラルド争奪戦が始まった。

#1のカオスコントロールにより、ルージュもこの世界に飛ばされてきていた。ルージュはこの世界で宝石泥棒をしていた。そのとき、大統領府ではDrエッグマン打倒のために、ソニックを仲間にする計画を企てていた。そしてカオスエマラルドが出現したと言うデマを流し、ソニックを捕獲しようとする。その罠に、ルージュがかかってしまった。政府はルージュに大統領のエージェントになれと言い、Drエッグマンの基地に潜入することになる。しかしルージュは基地の中でカオスエメラルドを見つけるとそれを奪おうとしてエッグマンロボと戦いになる。

大統領府ではエッグマン基地攻撃の計画が練られていた。クリスの家に大統領特使が訪問しソニックに強力を頼んだが交渉は失敗。政府はエッグマンが基地から出ていった隙にルージュ率いる特殊部隊でエッグマン基地に潜入を試みた。一方そのとき、カオスエメラルドをめぐって、Xトルネードに乗ったテイルス、クリスたちとエッグマンの攻防が始まっていた。ことを知ったソニックが、クリスたちを救いに飛び出した!

クリスたちのピンチに、ソニックが駆けつけるが、エッグマンにカオスエメラルドを奪われてしまう。ソニックたちがエッグマン基地まで追うと、基地ではエッグマンと政府の軍が戦いを繰り広げていた。基地に侵入したルージュとナックルズたちは動力部に爆弾をセットし逃げようとしたが、シャッターで閉じ込められてしまった。ソニックはカオスエメラルドを手に入れ、エッグマンを倒す事が出来るのか!?

エッグマン基地が崩壊。しかし記者会見の話題は出席していないソニックに集中。大統領補佐官はガッカリ。このままでは大統領が次回の選挙に敗れてしまう。「なんとか人気を出さなくては…そうだ!ソニックの祝勝パーティを開催してマスコミにソニックと握手しているところを撮らせれば人気も上がる!」さっそく、ソニックに招待状を送った。チャックはソニックたちのためにタキシードを新調。しかしソニックは用があるのだという。実はクリスのクラスメートである車椅子の少女ヘレンと会う約束をしていたのだ。なんとしても出席させたい補佐官は特殊部隊を使ってソニックを追いかける!

基地が崩壊されたDrエッグマンは地下にあった移動要塞エッグフォートで街を恐怖に陥れる。そこにソニックが駆けつけるが、高く飛ぶエッグフォートには届かない。「Xトルネードがあれば届くのに!」と焦るクリスたちの元にXトルネードがやってきた。タナカがトレーラーに載せてきてくれたのだ。それに乗ってソニックがエッグフォートに突撃!エッグフォートとの大戦闘が繰り広げられる。

海外リゾート地の上空で、カオスエメラルド(緑)が反応した。どうやらこの海の中に4つめのカオスエメラルドがあるようだ!しかしソニックは泳げない。そこでダイビングショップに行き、ドライスーツを着てソニックたちは海に潜る!一同はカオスエメラルドの反応を頼りに探索、そしてソニックたちは大航海時代の沈没船を探し当てた。ここにカオスエメラルドが!?すると突然、エッグマンロボが襲いかかってきたから大変。

オリエンタル・シティでナックルズはホークと呼ばれるトレジャー・ハンターの男を捜し、再会した。二人は地下牢から抜け出して輪タクに乗って、カオスエメラルドの隠し場所まで行く。とそこに先ほどの輪タク屋が現れた。その正体はエッグマンが送り込んだ女忍者ロボだった。カオスエメラルドをめぐり、女忍者ロボとナックルズの壮絶な戦いが始まる!

テイルスとクリスはサバンナのど真ん中でダム建設をしている二人の男たちと出会った。その工事の無意味さに疑問を抱くテイルスとクリス。男たちに工事をやめるように訴えたが男たちは取り合わない。それならばとテイルスとクリスは動物たちを従えて、街で抗議の行進をする。男たちは是が非でもダム工事を行うため、反抗。とそこにエッグマンロボが来て、捜していたソニックを見つけ、戦いが始まり、男たちも巻き込まれ大乱戦になった。

クリスの母リンゼーの映画の撮影を見るために、湖畔の古城にきたクリスたち。ところが撮影は撮影中に起きる妙なノイズ音によって一旦中止になってしまう。実はこの古城に住まう魔物を封印していた砂時計を誰かが動かしてしまったのだ。そのため、古城では様々な怪現象が起きる!

豪華客船で旅を満喫しているソニックたち。超音速のソニックは、のろのろ進む船の旅がかったるくてイライラしている。ストレスが頂点に達したとき、ソニックはとんでもない行動に出た。

Sチームリーダー(サム)が急にクリスの家にやってきて、ソニックにレース対決を挑んだ。どうやらそれは大統領補佐官の差し金で、大統領の人気向上のために行われるレースのようだ。ソニックはしぶしぶレースに参加。ソニックとSチームリーダーのレース対決が始まった!

夏休みにクリスはテイルスたち一行と学校の仲間たちを連れて、ある島国でサマーキャンプを楽しんでいた。すると突然、クリスたちを捕まえようと巨大なエッグマンメカが山に降り立って、山を崩し、川をあふれさせて、大変な事になってしまう。

クリスのパパは、宝石店で購入した指輪(実はカオスエメラルド)を、ママへの結婚記念日のプレゼントにしようとしていた。その日、女優のママはスタジオで撮影中で、パパはクリスやチャック、Sチームリーダーなどをスタジオに呼び出し、派手なサプライズパーティを密かに計画いたのだが、カオスエメラルドに気づいたエッグマンやルージュ、トパーズが雪崩れ込み、大混乱に。

エッグマンと戦ったソニックが、突如、暴走を始めた!走り出したソニックをなんとかして止めようと、チャックやテイルスたちのソニック捕獲作戦が始まる。ナックルズやエミー、サム・スピードもそれに加わり、大変なことに!

「早く7つ目のカオスエメラルドを手に入れるには、エッグマンと協力するしかない!」そう思ったナックルズはソニックを説得しにきた。しかしソニックとは会えず、その話を聞いたクリスがナックルズと共にエッグマンのいる森へと向かった。

「早くソニックたちを元の世界に帰しているあげるんだ!」そう思ったクリスはチャックが保管していたカオスエメラルドをエッグマンに渡してしまった。それに気づいたソニックたちは急いでクリスを追いかける。しかしカオスエメラルドの最後の一つがとうとうエッグマンに見つかってしまった!

エッグマンを倒し、世界に平和がもどったかのように見えたが、エッグマンは新たな活動を始めていた。小動物をパイロットパーツとして埋め込んだ新しいエッグマンロボE100シリーズを開発し、「カオス」なるモンスターを引き連れて、再び暴れ始めたのだ!

進化したカオスと戦い、追いかけたソニックはエッグキャリアと空中戦をして墜落してしまう。一方、エッグキャリアから落ちてきた小鳥を見つけたエミーはエッグマンロボE100にさらわれてしまう。

クリスとビッグはいなくなったカエルくんを見つけだしたがE102(ガンマ)にそれをさらわれてしまった。追いかけたクリスたちはエッグキャリアに潜入。エッグマンはE102(ガンマ)に牢屋にいるエミーの小鳥を連れてこいと命令するが、E102(ガンマ)はなぜか牢屋の前で苦悩し、エミーと小鳥を牢屋から解放してくれた。

Xトルネードでエッグキャリアに着陸したソニックとテイルスはE102(ガンマ)をやっつけようとしたが、エミーに止められた。一方ビッグとクリスはカエルくんを発見したがカオスとエッグマンに出会ってしまう。そこにソニックがやってきてカオスと戦うことに!

ソニックはエッグマンの地下基地「ファイナルエッグ」を見つけ、侵入した。そのころE102(ガンマ)はあらゆるところで仲間たちを自由の身にするがそこにE101(ベータ)が現れ、戦うことになってしまう!

倒したはずのカオスが生きていた!パーフェクト化したカオスは凶暴化し、エッグマンの言うことも聞かずに暴走して街を恐怖に陥れる。その時、ソニックの体が突如光りだした!

エッグマンがGUNのコンピューターにハッキングをして自分の祖父(ジェラルド・ロボトニック)がGUNの重要機密「プロジェクト・シャドウ」と関係があったことを知った。そして、それを入手するためにデコー・ボコーを引き連れてプリズンアイランドへと潜入した。

ソニックがGUNにつかまってしまった。どうやらGUNはソニックが「プロジェクト・シャドウ」の秘密を奪いにプリズンアイランドに忍び込んだと思っているのだ。心当たりのないソニックはGUNのヘリから逃亡し、追われる身となった。

ソニックはプリズンアイランドの独房に入れられた。クリスはタナカと共にスワンボートに乗ってソニックを救出に向かい、エミーとテイルスもXトルネードで向かった。エッグマンはシャドウ、ルージュと共にカオスエメラルドを手に入れるため、プリズンアイランドへと再び潜入を試みる。

プリズンアイランドが爆破され、クリスはシャドウのカオスコントロールに巻き込まれて一命を取り留めた。気が付くとそこは宇宙空間に浮かぶスペースコロニー・アークの中だった。

地球を破壊しようとするエッグマンの野望を阻止するため、ソニックたちはロケットでスペースコロニー・アークへと向かった。そして内部へと潜入したソニックだったが、捕まってしまい、宇宙空間へと放り出されてしまった!

ソニックとシャドウが戦うことに。しかし、スペースコロニー・アークのコンピューターが暴走し、制御不能となってしまった。このままでは、アークが地球に衝突してしまう!?

ソニックたちの世界と、この世界が合体してしまった!?ベクター・エスピオ・チャーミーの探偵チームが現れ、クリームを捜し、巷をさまよい始める。一方エッグマンは改心して破壊した月を自ら修理すると言うが…。

突然、エッグマンの人工月が太陽に被さり、世界が闇に包まれた。改心したエッグマンは大統領に日光供給サービスを提案し、市民には大好評を得るが、それはエッグマンの策略だった!?

エッグマンの日光供給サービスを邪魔し始めたソニックに市民の批判が高まる。自信を持って弁護できないクリスはソニックを止めに行くが、実はエッグマンの野望により太陽光が遮断されていたことを知る。

ソニックとデートをする約束だったエミーだが、いつまでたってもソニックがやってこない。怒ったエミーはたまたまやってきたサム・スピードとドライブに行くことに。しあkしそこでエッグマンメカに出会い…!?

獄中のエッグマンたちが家電工場で働かされている間に、たくさんの製品に謎のチップを仕込んだ。それにより街中の家電製品が勝手に動き出し、人間を襲うようになったから大変!!

獄中から逃げ出したエッグマンを捕まえるため、スチュワートは捜索を始めていた。しかし、そんな姿をクリスとその友達に見つかってしまい、一緒に探すことに!?

エッグマンを捕まえるプロジェクトの一環として大統領はカオスエメラルドを掛けた武道大会を提案した。それにソニックやナックルズ、クリスやエメルまでもが参加することになり…。

いよいよ決勝戦。ところがカオスエメラルドに反応したエメルが暴走を始め、みんながそれを止めるために戦いを挑む。果たしてスキルゲットができるエメルの暴走を食い止めることができるのか!?

エッグマンが、巨大戦艦を使い、海底火山脈が走っている"世界のヘソ"を刺激して、この星を壊滅させてやると言いだした。それをくい止めようとするソニックたちだが…。

エッグ大魔艦で火山島の火口に逃げ込んだエッグマン。ソニックたちはそれを追って火口から地底世界へ行くと、巨大な怪獣たちにであってしまった!?

政府によると、ソニックたちがこの世界にいると、時間停滞化現象なるものがはじまり、"時間"に異常が生じて世の中がおかしくなってしまうのだという。そこで、ソニックを元に戻そうという提案がされるのだがクリスは…。

ソニックたちを元の世界に戻すために、テイルスとチャックは装置の開発を急いだ。そんな時、Drエッグマンの基地を突然GUNの部隊が攻撃を始めた。これは大統領の意志ではない。一体どうなっている!?

ソニックが元の世界に戻ろうとしたその瞬間、クリスはソニックを連れて逃げ出した。そして二人だけの逃避行が始まるが…。

ソニックは元の世界にかえった。ソニックと別れたクリスはソニックとの思い出を振り返り、月を見上げる。

ソニックたちの星に新たな強敵が現れた。その名はメタレックス。ソニックは苦戦し、7つのカオスエメラルドは散り散りになって、この星の生命の源・プラネットエッグが奪われてしまった。そんな時、18歳のクリスが自ら作ったメカでワープし、この星に来た。しかしどうしたことか、クリスは12歳の姿に!?

コスモは星々のプラネットエッグをメタレックスから取り戻すため、ソニックを探してこの星にやってきたらしい。それを聞き、ソニックたちは宇宙に旅立つことに。ところが宇宙船の建造中、再びメタレックスが来襲した。そこでソニックを砲弾に使った主砲「ソニックドライバー」を使い、メタレックス・スパイクを迎え撃つ!

ソニックたちの乗った宇宙船ブルータイフーン号が到着したところは、プラネットエッグを奪われて水の星になった惑星・ハイドーだった。クリスはソニックと共に上陸艇に乗るが、ソニックがメタレックスにさらわれてしまった。クリスは、なんとかしてソニックを助けようとするが…。

メタレックスを倒して惑星ハイドーの人たちに感謝されたのもつかの間、エッグマンがナックルズを騙して、カオスエメラルドを手に入れようとする。とそこに、カエル型メタレックスが現れ、カオスエメラルドが飲み込まれてしまった!

吹雪の星ブリーザーに着いたソニックたちがカオスエメラルドを探すと、メタレックスたちのいる"アイスパレス"にたどり着いた。そこでは何かの研究をしているようなのだが…?

あるジャングルの星にたどり着いたソニックたち、メタレックスの攻撃をソニックドライバーで撃破したが、ソニックはその勢いでどこかに飛ばされてしまった。エミー、クリーム、コスモがソニックを探すことになるが、そこにメタレックス・キングエイプが現れ…。

カオティクス探偵事務所にクリームの母から依頼が来た。ワープマシンを通じてクリスの世界から様々なものが送られてきているので、それをブルータイフーン号に届けてほしいというのだ。宇宙船でやってきたカオティックスたちだが、勘違いしたクリスたちにひどい仕打ちを受けてしまう。

ブルータイフーン号は既に死の星となったホビドンに到着した。そこにはコロニーの残骸と廃墟があり、ソニックたちはカオスエメラルドを求めて廃墟へ。しかし廃墟は変形自在のメタレックス・ディザードそのものだったのだ。絶体絶命のソニック!そこになんと、あのシャドウが現れた!?

かつてコスモの移民船を攻撃したメタレックス・ヘルシップが、クリムゾンエッグを攻撃した!次なる標的はソニックたちの乗るブルータイフーン号。シャドウすらも窮地に追い込んだその脅威に、ソニックたちはどう戦うのか?

惑星アラバスタでソニックたちとはぐれてしまったテイルスとコスモが洞窟の中である施設を見つけた。なんと、そこではメタレックスによってカオスエメラルドのコピーが作られていたのだ。メタレックス・バイパーの追っ手から、テイルスとコスモは逃げるが…!?

残る二つのカオスエメラルドはメタレックスの要塞の中にある。それを知ったソニックたちとエッグマンが互いに手を組み、要塞への侵入を試みることに!?そしてカオスエメラルドとプラネットエッグを発見するが・・・!

ソニックたちを待ち構えていたのはダークオーク率いるメタレックス軍団だった。要塞の周囲をメタレックス軍団に囲まれるソニックたち。すべては罠だったのだ。脱出を試みるソニックだったが、カオスエメラルドをめぐり、シャドウと対決することに!!

ブルータイフーン号に珍客が現われた。カオティクス探偵団の三人組だ。仲良く談笑するテイルスとコスモを見たベクターは、テイルスがコスモに惚れていると確信する。ベクター曰く奥手のテイルスを後押ししようと、ここにベクター考案の珍作戦が発動した。

とうとうブルータイフーン号が銀河回廊に突入する。その内部は不思議なトンネル状の空間になっており、植物の根のように吹きだまった宇宙の塵が邪魔をして進めない。立ち往生するブルータイフーン号を襲ってきたのは、メタレックス四天王一番のパワーを誇るイエローゼルコヴァだった。

小惑星から大量のカオスエメラルド反応があった。そこへ向かったブルータイフーン号は古びた工場を発見。なんと中にはカオスエメラルド生産プラントがあった。そこへ現れたのはメタレックス四天王の一人、ブラックナルキッソスだった!

惑星「カスケード」の少女、モリーは星を元に戻すためにメタレックスと戦っていた。彼女は、伝説の英雄「黒い風」そのもののように強いシャドウに興味を持つ。シャドウ、ルージュとモリーはカオスエメラルドの反応を追って、カスケードの採掘場に向かうが…。

クリスの乗ったブルータイフーン号は、カオスエメラルドを持つマルモリン人の三人組モモ、ルー、リリンと遭遇する。ソニックたちはカオスエメラルドを譲ってもらう代わりに彼らの船を母星に帰すことになるが…。

メタレックスに追われる謎の宇宙船を助けたソニックだが、その宇宙船のパイロットはデコーだった。その時、メタレックスの艦隊がワープアウトしてくる。なんとメタレックスとエッグマンが手を組んでいたのだ。

カオティクス探偵団はメタレックス宇宙のある星にてカフェを商っていた。今日も新たな客が店を訪れる。だが今度の客は四天王に就任したばかりのエッグマンだった。

メタレックスに追われていたブルータイフーンは、イエローゼルコヴァの奇襲を受け惑星サンダーボルトに不時着する。イエローゼルコヴァにはあらゆる攻撃が通じない。激闘の中、クリスとソニックは遠くへ弾き飛ばされてしまう。

ブルータイフーン号に侵入者あり。その正体はコスモの命を狙うシャドウだ。テイルスはコスモを連れて必死に逃げるが、シャドウは二人を追い詰めていく。

コスモがダークオークの手によって、見たもの、聞いたものを転送する"生きたスパイ道具"にされていたことを知ったソニックたち。衝撃を受けるが、出て行こうとするコスモを引き留め、共に戦うことを誓う。

惑星グリーンゲイトを飛び立ち、ダブルトリプル0へと向かうブルータイフーン号。そこにはカオスエメラルドと巨大プラネットエッグを要する惑星アクリウスがあった。メタレックス艦隊との最終決戦にいよいよ突入だ。

起死回生をマスターエメラルドに賭けるクリスたち。ソニックドライバーの機構でマスターエメラルドのエネルギーをカオスエメラルドに叩きつけようというのだ。シャドウやカオティクスも加わり、ファイナルムーバの攻撃を全力で押し返しながら、作業が進む。その最中、エッグマンがクリスに衝撃の事実を告げる。

ファイナルムーバは巨大な果実となった。コスモの祈りに応えるように、カオスエメラルドは再び力を蘇らせ、黄金に輝くスーパーソニックとスーパーシャドウが並び立つ。二人の猛攻撃が果実の外郭を破り、ついに爆発四散させたが…。

戦いは終わった。マスターエメラルド復活の目処が立たず、地球帰還を諦めていたクリスのもとへエッグマンから封筒が届く。中に入っていたのは「地球行・片道」と書かれた一枚のチケットだった。