この世の果てで恋を唄う少女YU－NO

主人公、有馬たくやは2ヶ月前に父を亡くし、活力を失った生活を送っていた。
そんなある日、亡くなったはずの父から謎の装置と手紙が送られてくる。
「宝玉を集め、今夜10時、剣ノ岬のふもとへ行け。」
指示に従い剣ノ岬(三角山)へ赴くたくやだったが…

剣ノ岬でのできごとをたくや以外覚えていない世界。
たくやは並列世界とリフレクターデバイスについて理解する。
そんな中、継母の亜由美が、彼女の持つ機密を狙う人物に襲われる。
たくやはリフレクターデバイスを使い、亜由美を助け出そうとするが…

襲われていたたくやと亜由美を助けたのは、なんと豊富だった。
なんとか助かったたくやと亜由美。
一方で剣ノ岬の謎の事故によりジオ・テクニクス社への工事反対運動は激化。
工事責任者である亜由美は徐々に追い込まれていく…

追い込まれていく亜由美を気遣うたくや。
そんなたくやの前にジャーナリストを名乗る朝倉香織という人物が現れ、亜由美を助けるための取引をもちかける。
そんななか学校でたくやにジオ・テクニクス社から亜由美の所在を確認する電話がかかってくる。
嫌な胸騒ぎがして自宅に帰ったたくやであったが、そこには…

亜由美を救おうと何度もリフレクターデバイスで並列世界を遡るたくや。
しかし悲劇を止めることができない。
万策尽きたかに見えるたくやであったが、ふと香織との取引を思い出す。
そしてたくやは香織の元に向かう…

なんとか亜由美の悲劇の螺旋を止めたたくやであったが、亜由美の無実の証拠を掴むため香織とともにジオ・テクニクス社に侵入することに。
ジオ・テクニクス社の中枢でたくやが見たものとは…!?

無実を証明し、亜由美を救ったたくやであったが、カオスの矯正により再び新しい並列世界へ。
澪・結城とともにタタリ騒動の噂がある龍蔵寺学長の家を尋ねる。
そして龍蔵寺は、たくやと2人で話がしたいと申し出る…

父・島津市長から突然ナショナルスクールへの編入を指示される澪。
残された時間も少ない中、なんとか三角山の謎を解明したいと奔走するが、ケガをしてしまう。
たくやに保健室で介抱された澪は、たくやに全てを話すことを決心する…

たくやにしか話していないはずの秘密を暴露され、傷心の澪であったが、
残された時間で三角山を探索したいと家出を決心する。
美月、結城とともに澪を探すたくやであったが、そんなとき結城が突然の告白をする…

澪を探しに三角山の洞窟に潜入するたくや。
リフレクターデバイスで数々の危機を回避し、やっと澪の元にたどり着く。
出口を探し続けるたくやの前に現れたのは…

三角山地下からの出口を探すたくやと澪。
たどり着いた部屋には思いもよらぬものが…
そしてそこに現れた美月の意図とは…!?

再びカオスの矯正により新しい並列世界へ移動するたくや。
本格的に龍蔵寺を調べようと絵里子に協力を依頼しに行くが、そこには普段と違う様子の絵里子が…
そして龍蔵寺の家へ協力者に会いに忍び込んだ二人の前に現れたものとは…

一旦龍蔵寺のもとを離れたたくやと絵里子であったが、龍蔵寺の企みにより拘束されてしまう。
リフレクターデバイスを使い、なんとか危機を免れたたくやであったが、大きな代償を払うこととなる…
そして明かされる龍蔵寺の正体とは…!

カオスの矯正により新たな並列世界へ移動したたくや。
この世界では謎の少女・神奈の秘密を解き明かすべく、仲良くなろうと試みる。
神奈の周りにつきまとう謎の男の影、そして神奈の部屋でたくやが見たものとは…?

孤独を望み、孤立する神奈であったが、たくや・澪・結城はクラスメートとしてもっと仲良くなろうと、島津家のプライベートビーチに遊びに行くことに。
夏を満喫する4人であったが、リフレクターデバイスや神奈のペンダントが盗まれてしまう…

神奈につきまとう謎の男、北条から取引を持ちかけられるたくや。
そして絵里子からは神奈の転校について意外な事実を聞くことに。
そんな中、有馬家を訪ねた神奈と話し、たくやは神奈の本心に触れるのであった…

神奈を守る決心をしたたくや。
そんな中、龍蔵寺と北条の企みにより、神奈が命の危機に。
神奈を救うため、たくやは異世界に旅立つことを決心するのであった…

異世界・デラ=グラントにたどりついたたくや。
そこで少女、セーレスと出会う。
助けを求めて入った1件の家で、2人は女剣士・アイリアと出会う…

アイリアの死後、2人で暮らすたくやとセーレスであったが、2人の間には子供が生まれ、ユーノと名付けられる。
ペットのクンクンも加え、幸せに暮らす3人であったが、突然ボーダーに帝都の兵士が現れる…