BORUTO－ボルト－ NARUTO NEXT GENERATIONS(第1話～第50話)

忍五大国のひとつ「火の国(ひのくに)」にある「木ノ葉隠れ(このはがくれ)の里」――　この里に住むうずまきボルトは、里長である七代目火影(ほかげ)・うずまきナルトを父に持つ少年だ。
ある日ボルトは、不良たちに絡まれていた少年・雷門(かみなりもん)デンキを助ける。力も気も弱いデンキは、不良たちばかりか自分の父親に反発することもできないでいた。　忍者学校(アカデミー)入学式へと行く途中ボルトは、またデンキを見かけるのだが、彼のチャクラが奇妙に歪み、どこか様子がおかしいことに気づく。

• 第2話 火影の息子…!!
• 第3話 暴走、メタル・リー!!
• 第4話 男女対抗忍術合戦!!
• 第5話 謎の転校生…!!
• 第6話 最後の授業…!!
• 第7話 恋とポテチ…!!
• 第8話 夢のお告げ
• 第9話 自分の証明
• 第10話 ゴースト事件、捜査開始!!
• 第11話 黒幕の影
• 第12話 ボルトとミツキ
• 第13話 魔獣、現る…!!
• 第14話 ボルトに見える道
• 第15話 新しい道
• 第16話 留年(ダブり)の危機
• 第17話 サラダ、走る!!
• 第18話 うずまき家の一日
• 第19話 うちはサラダ
• 第20話 写輪眼(しゃりんがん)の少年
• 第21話 サスケとサラダ
• 第22話 つながる想い
• 第23話 つながりのカタチ
• 第24話 ボルトとサラダ
• 第25話 波乱の修学旅行!!
• 第26話 水影の後継者
• 第27話 友情のシノビバウト
• 第28話 宣戦布告
• 第29話 新・忍刀七人衆!!
• 第30話 写輪眼VS雷刀・牙(らいとう・きば)
• 第31話 ボルトとかぐら
• 第32話 おみやげクエスト
• 第33話 スランプ!!　超獣偽画(ちょうじゅうぎが)
• 第34話 星降る夜
• 第35話 三者面談…!!
• 第36話 卒業試験、開始!!
• 第37話 忍(しのび)の覚悟
• 第38話 スリーマンセル、結成…?
• 第39話 満ちた月が照らす道
• 第40話 第七班・初任務!!
• 第41話 結束の力
• 第42話 忍者のお仕事
• 第43話 白夜団(びゃくやだん)、現る!!
• 第44話 シカダイの迷い
• 第45話 雪の日の記憶
• 第46話 決行!!　極夜(きょくや)作戦
• 第47話 成りたい駒(すがた)
• 第48話 下忍ドキュメンタリー!!
• 第49話 ワサビでなみだ
• 第50話 中忍選抜試験推薦会議

• 第2話 火影の息子…!!
• 第3話 暴走、メタル・リー!!
• 第4話 男女対抗忍術合戦!!
• 第5話 謎の転校生…!!
• 第6話 最後の授業…!!

• 第7話 恋とポテチ…!!
• 第8話 夢のお告げ
• 第9話 自分の証明
• 第10話 ゴースト事件、捜査開始!!
• 第11話 黒幕の影

• 第12話 ボルトとミツキ
• 第13話 魔獣、現る…!!
• 第14話 ボルトに見える道
• 第15話 新しい道
• 第16話 留年(ダブり)の危機

• 第17話 サラダ、走る!!
• 第18話 うずまき家の一日
• 第19話 うちはサラダ
• 第20話 写輪眼(しゃりんがん)の少年
• 第21話 サスケとサラダ

• 第22話 つながる想い
• 第23話 つながりのカタチ
• 第24話 ボルトとサラダ
• 第25話 波乱の修学旅行!!
• 第26話 水影の後継者

• 第27話 友情のシノビバウト
• 第28話 宣戦布告
• 第29話 新・忍刀七人衆!!
• 第30話 写輪眼VS雷刀・牙(らいとう・きば)
• 第31話 ボルトとかぐら

• 第32話 おみやげクエスト
• 第33話 スランプ!!　超獣偽画(ちょうじゅうぎが)
• 第34話 星降る夜
• 第35話 三者面談…!!
• 第36話 卒業試験、開始!!

• 第37話 忍(しのび)の覚悟
• 第38話 スリーマンセル、結成…?
• 第39話 満ちた月が照らす道
• 第40話 第七班・初任務!!
• 第41話 結束の力

• 第42話 忍者のお仕事
• 第43話 白夜団(びゃくやだん)、現る!!
• 第44話 シカダイの迷い
• 第45話 雪の日の記憶
• 第46話 決行!!　極夜(きょくや)作戦

• 第47話 成りたい駒(すがた)
• 第48話 下忍ドキュメンタリー!!
• 第49話 ワサビでなみだ
• 第50話 中忍選抜試験推薦会議

入学式当日に騒ぎを起こし、謹慎していたボルトがアカデミーに初登校した。だが、里の英雄と名高い七代目火影の息子でありながら、いきなり謹慎処分を受けたボルトにクラスメイトの目は冷たい。　そんな中ボルトはクラスメイトのひとり、結乃(ゆいの)イワベエにケンカを売られる。イワベエは優れた戦闘センスを持ちながら、素行の悪さが原因で留年した年上の生徒だった。最初のうちは何を言われても相手にしないでいたボルト。だが、勇気を振り絞って仲裁に入ったデンキにイワベエが殴りかかったのを見て……。

ボルトのクラスのメタル・リーは、とても努力家で優れた体術の使い手。だが緊張しやすい性格で、誰かに注目されたりすると途端に実力を発揮できなくなる。そんなメタルにある日クラスメイトの奈良(なら)シカダイが心無い一言を言ってしまう。悪気はなかったシカダイだが、翌日、怒ったメタルがシカダイに戦いを仕掛け、巻き込まれたボルトは、メタルのチャクラが、デンキのときと同じように奇妙に歪んでいることに気づく。

クラス担任の油女(あぶらめ)シノの提案で、男女のチームに分かれて屋上に設置されたフラッグを奪い合うことになるボルトたち。早速、屋上に向かうボルトたち男子チームだが、途中に仕掛けられたトラップや、うちはサラダ、秋道(あきみち)チョウチョウを中心とした女子チームに行く手を阻まれ大苦戦する。何とかして女子チームより先にフラッグを奪いたいボルトは、授業で見た高等忍術「口寄せの術(くちよせ　の　じゅつ)」を試してみるが、思いもよらぬものを呼び寄せてしまう――。

ボルトのクラスに、「音隠れ(おとがくれ)の里」から転入生がやってきた。ミツキという名のこの少年は、組み手の授業でイワベエを圧倒したり、難しい問題をあっさり解いたりとただならぬ才能を見せる。しかしミツキは何を考えているのかわからないところがありボルトたちを困惑させてゆく。そんな中、校舎の修復工事をしていたひとりが急に暴れだす騒ぎが起こる。慌てて駆けつけたボルトたちだが、そこに謎めいた言葉を呟きながら、さきほどまでは姿のなかったミツキが現れる。

担任のシノに呼び出され、指示された場所までやってきたボルト、シカダイ、ミツキ。いつもと様子の違うクラス担任をいぶかしむボルトたちだが、そんな三人に突然シノが襲い掛かる!　蟲(むし)を使った術を得意とする油女一族のシノは、「奇壊蟲(きかいちゅう)」を放ち容赦ない攻撃を仕掛けてくる。だが重大任務も任される上忍(じょうにん)と同等の実力を持つ相手にボルトたちがかなうはずもない。ところがこの状況でもミツキだけは、慌てることなく冷たい表情でシノを見つめ……。

最近たびたび感じる、姿の見えない相手からの熱視線に怯える(?)チョウチョウは、この気味の悪い相手を捕まえてやろうと息巻く。そしてついに犯人・隠蓑(かくれみの)マギレを捕まえることに成功。だがマギレは、実はチョウチョウのクラスの委員長・筧(かけい)スミレのことが好きでずっと彼女を見ていたのだった。話を聞きこの場でスミレに告白することをすすめるチョウチョウ。最初は戸惑っていたものの、思い切って告白するマギレだが……?

ボルトにしか見えない歪んだチャクラの影に操られ、急に暴れ出した人々――　はじめはアカデミーの周辺だけで起こっていた異変が、徐々に里中に広がり始めていた――。
そんなある晩ボルトは、謎の人物から不思議な瞳術(どうじゅつ)を与えられる夢を見る。それにより、母・ヒナタの家系、日向(ひゅうが)一族特有の能力である血継限界(けっけいげんかい)“白眼(びゃくがん)”が覚醒したと騒ぐボルトだが、父・ナルトは信じてくれない。そこでボルトは、日向家の祖父・ヒアシに話を聞きに行く。

ボルトが、父や祖父が見守る中、叔母のハナビと手合わせすることになった。父に認めてもらうため果敢に戦うボルト。だが、どんなにがんばっても白眼を発動させることができず、覚醒した形跡もないことがわかる。これまで見えていた歪んだチャクラのような影はすべて錯覚だったのではないかと思い始めたボルトは、認めてもらうどころか、ウソをついたと思われるのではないかと気を落とす。そんな中ボルトは、またしても怪しい影に操られた人を見かけ……。

自分にだけ見える謎の影に“ゴースト”と名づけたボルトは、仲のよいシカダイやミツキと協力して“ゴースト事件”を解決しようと張り切る。そんなボルトを陰ながら応援しようと、シノが授業の一環として各自興味のある職場を見学するよう指示。ボルトは、シカダイ、ミツキとともに郵便配達員の仕事を間近で見学しながら里中を見回ることにする。
一方、かつて、特殊部隊“暗部(あんぶ)”の“根(ね)”に所属していたことがあるサイは、火影の命令で同じ事件を調べていたが、調査中にある重大な発見をする。

職場見学中にゴースト事件に巻き込まれ、スミレや、一緒にいた伊豆野(いずの)わさび、雀野(すずめの)なみだがケガを負った。自分ならば未然に防げたかもしれないと悔やむボルトは、何としても事件を解決しようとあらためて決意する。職場見学を通して親しくなった郵便配達員のクロヤギ・タヨリにも協力してもらい、シカダイやミツキとともに今まで以上に注意深く里中を見回るボルト。そんな中、ボルトが何気なく言った一言から、シカダイとミツキがひとつの可能性に気づく。

あれほど里を騒がせていたゴースト事件が、どういうわけかピタリと止まった。ボルトやクラスメイトたちは不思議に思うが、ただひとりミツキだけは、何かを知っている様子。そのミツキは、最近、自分に起こった変化に戸惑っていた。そして、彼にとっての素朴な疑問をクラスメイトたちに問いかけてみるが、話を聞いたひとり、山中(やまなか)いのじんの言葉にミツキは?
そんな中、突如として里中に、異様なチャクラが広がり始めるという異常事態が発生する!!

ミツキから話を聞き、新たな事件の発生をくい止め、犯人にこれ以上の罪を重ねさせないためにとボルトがひた走る!
一方、サイの報告により今回の事件の首謀者を知った七代目火影・ナルトたち里の幹部は、その正体に衝撃を受けるが、そうしている間に巨大な異界の魔獣“鵺(ぬえ)”がその姿を現した。迫り来る里の危機に、今は引退した六代目火影・はたけカカシも事態の収拾のための協力を申し出る。

特殊部隊・暗部の中でも、さらに特殊な存在である“根”を創設した木ノ葉隠れの元幹部・志村(しむら)ダンゾウ――　今回の事件の首謀者は、今は亡き彼の意志を受け継ぐ者だった。
不思議な“眼(め)”の力で異世界へと入ることができたボルトは、魔獣・鵺の力を利用した兵器“牛頭天王(ごずてんのう)”による里の壊滅を狙う相手を目の前に必死の説得を試みるが……。　ボルトの思いは過去からの呪縛を解き放つことができるのか!?

木ノ葉隠れの里を襲ったゴースト事件が解決し、あのときボルトに発動した謎の力が再び目覚めることはなくなっていた。大人たちはその後のさまざまな処理に追われ、事件を起こした者の処遇についても、追って結論が出されようとしていた――。　里にもアカデミーにも、いつもの日常が戻りつつあったが、そんな中、ボルトやクラスメイトたちには、ひとつ気がかりなことがあって……。

アカデミーの定期試験が近づき、準備を始める生徒たち。成績次第では留年の可能性もあるが、忍術の実技が苦手なデンキは “チャクラを使った壁登り”に苦労し、筆記問題が苦手なイワベエは、相変わらず教科書の内容が理解できず苦労していた。そんなふたりのためにボルトたちが修業や勉強につきあうが、ますます混乱させるばかり。それでも、みんなと一緒に忍者になりたいデンキは留年を恐れるあまりムチャな修業をしてしまう。果たしてデンキとイワベエは、留年を逃れることが出来るのか!?

母・サクラにかわり、サラダが入院中の女の子にお気に入りのぬいぐるみを届けることになった。ところがうっかりして、“雷車(らいしゃ)”の中にぬいぐるみの包みを忘れてしまい慌てて追いかけることに。雷車の座席ではなく屋根に乗って移動するボルトたちをバカにしていたにもかかわらず、自分自身が雷車の屋根に登ったりぬいぐるみを追いかけて必死で里の中を駆け回るハメになるサラダ。そんなサラダを見かけたチョウチョウの助言で遺失物センターを訪れたサラダは、無事に包みを受け取るのだが……。

ボルトの妹・ヒマワリがカゼを引き、ドタバタするうずまき家。そういえば前にもヒマワリのせいで大変なときがあった……と、ボルトは思い出す――。　それは、父・ナルトの火影就任式の日。その日ヒマワリは白眼を覚醒させ、ボルトとナルトは死ぬ思いをしたのだった……。　そして――　火影になったその日から、父はあまり家に帰って来なくなった。今、妹のヒマワリがカゼで苦しんでいるというのに、父親であるナルトは帰って来ない。父への怒りがこみ上げてくるボルトだが――。

“火影岩(ほかげいわ)”にイタズラし、父親に追い掛け回されるボルトを見てあきれるサラダ。しかしそんなボルトを見てサラダは、物心ついたときから会ったことのない父・サスケのことを思い寂しくなる。母のサクラに話を聞いても何も答えてもらえずつい反抗的な態度をとってしまうのだが、そんな中、父・サスケと写るメガネをかけた若い女性の写真を見たサラダは、ある疑惑に駆られ真相を確かめてみたくなる。　――うちはサラダ出生の秘密が明かされる!?

極秘任務で各地を旅しているサスケからナルトに、うちは一族特有の血継限界“写輪眼(しゃりんがん)”を持つ者の情報が届いた。だが今生きているうちは一族は、サスケとその血を引くサラダだけのはず。この報せに、急ぎサスケに会うことにするナルト。
一方、父・サスケを探し、“本当の母親”について問いただそうと考えるサラダは「本当のパパとママを探す旅に出る」と言い出したチョウチョウとともに行動を開始。ナルトがサスケと会うことを知り、あとを追いかける。ところがその途中、何者かに襲われ危機に陥る!

父・サスケのいる“峠塔(とうげとう)”にたどり着いたサラダは、はやる気持ちをおさえながら塔の中へと入ってゆく。ところが、やっと出会えた父の思いもよらない行動と言葉に深く傷つく。父と娘の気まずい様子に耐え切れないナルトとチョウチョウは、何とかしたいと考えるのだが……。　そんな中、一同は、互いに “うちはシン”と名乗る写輪眼の父子に襲われる!
一方、サラダが父親に会いに行ったと聞き、娘のことを心配するサクラは……?

シンの術によってサクラが連れ去られ、呆然とするサラダ。だが、感知に優れたナルトの能力を使っても居場所がつかめず、ますます不安にかられる。そんな中サスケが、シンの腕に埋め込まれた無数の写輪眼に注目。一同はシンの手がかりを求め、禁術の研究をしている木ノ葉隠れの大罪人・大蛇丸(オロチまる)の研究所を訪れる。そこで、あの古い写真に写る、父のかつての仲間、鬼灯水月(ほおずき　スイゲツ)や重吾(ジュウゴ)と出会ったサラダは、水月に頼んで、自分の母親のことを調べてもらうことにする。

連れ去られたサクラを助けることを決意したサラダが、サスケやナルト、チョウチョウとともにシンのもとへと向かう。次々と現れるシンのクローンたちに苦戦しながらサクラのもとへとたどり着いたサラダは、ずっと会っていないにもかかわらず、信頼しあっているサスケとサクラの姿を不思議そうに見つめる。だが突然、動きを封じられた“親”のシンが、“子供たち”に侵入者の抹殺を命じ……。
ちゃんと想いがあって、気持ちがつながっていれば――　サラダが始めた、出生の秘密を知る旅の結末は?

会談のため木ノ葉隠れの里に、忍五大国にある忍者の里の長たち“五影(ごかげ)”が集まることになり里は大賑わい。そんな中ボルトは、いつもよりも厳重な警戒をかいくぐって、火影岩への落書きを成功させようと考える。一方サラダは「火影になる!」という新たな目標を決め、一層修業に励んでいた。ボルトはそんなサラダをバカにするが……。
だが――　平和な里の様子とは裏腹に、五影たちには、かつて世界を巻き込んだ“第四次忍界大戦(だいよじ　にんかいたいせん)”を陰で操っていたとされる者、“大筒木(おおつつき)カグヤ”に関して、サスケが手にいれた情報を極秘に検討する必要があり……。

アカデミー初の試みとして、修学旅行で“水の国(みず　の　くに)”にある“霧隠れ(きりがくれ)の里”へとやってきたボルトたち。里の案内役に選ばれた枸橘(からたち)かぐらは、ボルトたちとあまり変わらない年頃だが、里長である六代目水影(みずかげ)・長十郎(ちょうじゅうろう)の側近をしている優秀な忍者だった。
早速かぐらの案内であちこち見て回ることになったボルトたちは、かつては“血霧の里(ちぎり　の　さと)”と呼ばれ、子供たちにも殺し合いをさせていたとは思えないほど、華やかで活気にあふれた近代的な里に目を輝かせる。だが、霧隠れの忍者の中には、今の里に不満を持つ者もいて……。

“忍刀七人衆(しのびがたな　しちにんしゅう)”――　霧隠れに代々伝わる七本の妖刀に選ばれた最強の忍者たちであり、六代目水影・長十郎はそのひとつ、“双刀(そうとう)・ヒラメカレイ”を持つ者である。
ボルトたちは、かぐらや長十郎の案内で霧隠れのアカデミーを見学することになった。霧隠れの里では剣術に力を入れていて、その迫力の授業風景に大興奮のボルト。そんなボルトを見た長十郎はかぐらとの手合わせを提案するが、かぐらはあまり乗り気ではない様子。実はかぐらは実力を認められ、いずれヒラメカレイを受け継ぐよう長十郎に言われているのだが、その申し出もかたくなに断っていた。

かつてかぐらと一緒にアカデミー時代を過ごした蜂谷釣糸(はちや　つるし)が、目ざわりなボルトたちを誘い出すためデンキをさらった。デンキを助けるためかぐらとともに蜂谷のもとへと向かったボルトたちは、大勢の仲間を集めていっせいに襲い掛かる相手と戦うことになる。そんな中、かぐらが隠していた驚きの真実が明かされる。　自分自身の生まれと、過去に犯した罪を忌まわしく思いひとり思いつめるかぐら。そんなかぐらにボルトたちは?

ボルトたちと出会ったことで迷いの晴れたかぐらが、長十郎からヒラメカレイを受け継ぐことを決意。うれしそうにそのことをボルトに伝える。ボルトも“友達”の話を聞いてうれしくなるが、そんなふたりの前に干柿屍澄真(ほしがき　シズマ)が現れた。今の平和な忍世界を快く思わない屍澄真は、「七人そろえば一国を落とせる」という霧隠れの忍刀七人衆を復活させ、再び戦乱の世にしようと仲間を集めていた。そのためのチャンスをうかがっていた屍澄真は、かぐらがヒラメカレイを受け継ぐ機を見計らい、かぐらの過去の過ちを持ち出し言葉巧みに近づく。

かぐらによって保管庫が開かれ、屍澄真たちが里に伝わる妖刀を手に入れた。霧隠れをかつての血霧の里に戻すため、ついに新たな忍刀七人衆による反乱が始まる――!
一方ボルトは、事情を知ったサラダと協力して、友達であるかぐらを助けようとする。だが、反乱分子の情報をつかんだ水影・長十郎と、先代、五代目水影・照美(テルミー)メイは、首謀者である屍澄真と仲間はもちろん、それに加担したかぐらをも処断する構えで……。　そんな長十郎たちを思いとどまらせるため、ボルトが突拍子もないことを口にする。

長十郎の案内で、ボルトとサラダが「新・忍刀七人衆」を名乗る屍澄真たちのもとにたどり着いた。だが屍澄真の術“紅霧結界(こうむけっかい)”が作り出す濃霧によって視界はさえぎられ、三人は分断されてしまう。それぞれが違う相手と戦わなければならない状況の中、サラダは“雷刀・牙(らいとう・きば)”を手にした女忍者・黒鋤文淡(くろすき　ブンタン)と戦うことになる。たちこめる霧の中、写輪眼を駆使するサラダ。だが思った以上に手ごわい相手に苦しめられる。何とかしたいサラダは、とっさに思いついた反撃の策に出る!　一方ボルトの前にはかぐらが現れ――。

友達として、かぐらを連れ帰ろうとするボルト。しかしかぐらはそれを拒否し、ボルトに斬りかかってくる。一度は断ち切ったはずの呪縛に再び囚われてしまった友達を救いたいボルトだが、かぐらは自分を惑わす屍澄真の言葉に逆らうことができず……。　そんな中、戦いの場に割って入る者が!?　それは今回の反乱に関する情報を入手したミツキだった。ミツキが手に入れた情報から明かされる真実とは?　そしてボルトは、“友”を救うことができるのか?

修学旅行が終わり、ボルトたちが木ノ葉隠れの里へ帰る日が来た。水影である長十郎も見送りに訪れるが、そこにかぐらの姿はない――。
霧隠れからの長旅を終え、無事、我が家に帰り着きほっとするボルト。ところがボルトが帰ってきてからずっと、妹のヒマワリの様子がおかしい。実はヒマワリは、兄から約束のおみやげをもらうことを楽しみにしていたのだが、ボルトはそのことをすっかり忘れていた!　焦ったボルトは正直に話してヒマワリに許してもらおうとするが、なぜか言いそびれてしまいますますピンチに!　追いつめられたボルトは、何とかしておみやげを用意しようと奔走するが……。

小さい頃から絵を描くのが好きだったいのじんの得意忍術は、絵に“命”を吹き込む“超獣偽画(ちょうじゅうぎが)”。ところがあるとき突然、この術が使えなくなってしまう!?　困惑し、同じ術を使う父のサイに相談するいのじん。だが父は、心配そうに見つめるだけで解決策を教えてはくれず、なぜか子供たちを対象とした絵画コンクールへの応募をすすめる。　バカバカしいと思いながらコンクールに応募したいのじんだったが、“最優秀作品”に選ばれたのは、年下のヒマワリの絵で……!?　
果たしていのじんの絵に足りなかったものは?　そしていのじんは、再び超獣偽画を使えるようになるのか?

ボルトは、「一度食べたら永遠に忘れられない美味しさ!」と言われる幻の魚“エイエンゴイ”を釣り上げるため、クラスメイトたちと一緒にキャンプにやってきた。もうすぐ卒業を控え、おそらくこれがクラスのみんなで集まる最後の機会になると考えるボルトは、思い出作りのためにも、何としてもエイエンゴイを釣り上げようとする。だが、“幻”と言われる魚がそう簡単に見つかるはずも捕まるはずもない。クラスメイトたちがあきらめ始める中、それでもあきらめたくないボルトは?

卒業試験前に、それぞれの進路を確認する三者面談が行われることになった。だが“忍術科”で成績優秀なボルトは、授業で苦労したこともなく、“忍者”になることに特にこだわりもなく過ごして来たことに気づく。そんな中、卒業試験を控えたアカデミー生たちを取材しているというフリージャーナリスト・スケアと出会ったボルトは彼に協力することになるが、スケアは、ボルト自身が、“忍者”としての将来についてどこか気楽に構えていることに危うさを感じ、ある忠告をする。

いよいよ卒業試験が始まった。第一関門の筆記試験を終えたボルトたちは、次に実技試験に臨むことになる。その内容とは、先代、六代目火影・カカシとアカデミーの先生たちを相手に行う実戦形式の“鈴とり”だった。カカシが持っているたったひとつの鈴を奪うため、我先にと飛び出す生徒たち。だがカカシの護衛役の先生たちも、簡単には先に進ませてはくれない。そんな中、何とかカカシのもとに一番乗りしたボルトは、手加減なしのカカシに苦戦したうえ「お前は忍者に向いていない!」と冷たく言い放たれる。

試験官のカカシのもとに一番乗りし、果敢に戦いを挑んだものの動きを封じられ、自分だけでなくクラスの仲間たちまで非難されたボルトは悔しさでいっぱいになる。そこに遅れてきたクラスメイトたちが合流し、みんなの手助けでボルトはカカシから逃れる。自分のふがいなさを思い、珍しく落ち込むボルト。そんなボルトにクラスメイトたちが喝を入れ、やっといつもの調子を取り戻したボルトはみんなにある作戦を持ちかける。
果たして、念願の“忍者”になるのは!? 　クラス全員がそろって卒業するための反撃が始まる!

晴れて見習い忍者・“下忍(げにん)”としての第一歩を踏み出したボルトたちは、まず、任務を行うための基本チーム“三人一組(スルーマンセル)”の班を組むことになる。班分けはそれぞれの能力や相性によって行われるが、仲のよいシカダイと一緒の班を望んでいたボルトの期待ははずれ、シカダイは、いのじんやチョウチョウとともに父や母と同じ“猪鹿蝶(いのしかちょう)”トリオを組むことに。一方ボルトのチームメイトはサラダとミツキになる。これに不満を持つボルトとサラダは、唯一この決定を覆す救済措置“火影に直接、直訴状を手渡す”という方法に打って出る。

もとは他里である音隠れ出身だが、ボルトたちと出会い、自分自身の意志で木ノ葉隠れの忍者となることを決めたミツキ。そのミツキはかつてすべての記憶を奪われ、自分が何者なのか、何をしたいのかもわからないまま、見知らぬ研究所で目覚めたことがあった――。
ミツキがたびたび口にする“親”とともにある人物を追い詰めた過去。　その中でミツキ自身が選んだこと。　謎に包まれたミツキをめぐるさまざまな思いが明らかになる。

“第七班”としてスリーマンセルのチームを組むことになったボルト、サラダ、ミツキが、上忍の猿飛木ノ葉丸(さるとび　このはまる)の指導のもと初任務につくことになった。任務を依頼してきたのはとある村で、内容は、最近たびたび村を襲う盗賊を撃退し二度と近づけないようにすること。早速村に向かったボルトたちは、村長だった父を突然亡くし、そのあとを継いだばかりの伎璃(キリ)と、まだ若い彼女を支える側近たちと対面するが、伎璃の話からこの任務が、最初の予定よりも厳しく難しいものになることが判明する。

盗賊を装った忍者に伎璃がさらわれた。本来、下忍であるボルトたちには他の忍者と戦うような任務は与えられないが、村人たちの依頼と木ノ葉丸の判断で、第七班は、“盗賊撃退”の任務を“伎璃の救出”に変更。初任務でいきなり強力な幻術使いや剣の使い手の忍者と戦うことになる。木ノ葉丸の指示に従い伎璃の奪還に成功するボルトたち。ところが、敵に木ノ葉丸がとらえられ、伎璃を守りながら、下忍の三人だけで戦わなければならなくなる。

初任務以来、任される任務はすべて地味で簡単なものばかりだと不満気なボルト。そんなボルトと第七班に「銀行立てこもり犯人を捕まえろ」という任務が言い渡された。久しぶりに派手に活躍できるとばかりに張り切るボルトだが、現場に駆けつけたボルトたちが目にした立てこもり犯は、最近、理不尽な理由で会社をクビになったばかりの気弱そうな男で……。だがこの事件に、ある組織が絡んでいる可能性が浮上する――!

木ノ葉隠れの里で、最近世間を騒がせている“白夜団(びゃくやだん)”の仕業と思われる事件が起こった。白夜団は金持ちから金銭や金目のものを盗み、困っている人々に配る“義賊”としてあちこちの里を荒らしまわっている盗賊団。義賊と言っても他人からものを盗み、ときには関係のない人々まで巻き込む彼らに嫌悪感を抱くボルトは、友達のシカダイに同意を求めるが、シカダイはボルトの言うことに「善悪で計れないこともあるんじゃないか」と答える。一方、事件現場で奇妙なものを見つけたサラダは、犯人の手がかりをつかもうと考え……。

木ノ葉隠れの里での白夜団の活動が活発化。“義賊”ということで彼らを英雄視する人々も現れるが、ボルトには白夜団のやっていることがどうしても納得できない。下忍たちにも犯人を捕まえるための協力が呼びかけられるなど、里の警戒も厳しくなる中、シカダイは、リョウギという少年と出会い仲良くなる。年齢に似合わずどこか一歩引いたものの見方をするところがあるふたりは話も合い、シカダイは、リョウギと会って一緒に過ごす時間が楽しみになる。

“将棋”を通して知り合い、“友達”になったシカダイとリョウギ。ところが最近になってリョウギが待ち合わせ場所に姿を現さなくなった。シカダイは、最後に会った日に友達が見せた態度が気にかかるが、確かめることもできずひとり悩んでいた。　一方その頃、シカダイの前に姿を現さなくなったリョウギは、友達のシカダイのことを気にしながらも、どうしても忘れることができない記憶に苦しめられていた――。

白夜団がけしかけたことにより、デンキの父の会社“雷門(かみなりもん)カンパニー”を批判するデモが拡大化。混乱を鎮めるため、下忍を含めた里の忍者たちに招集がかかる。だがデモ隊は忍者ではなく里に住む一般の人々。手荒なことはできないため、班ごとに決められた場所でデモ隊を押しとどめる策がとられる。シカダイも“第十班(だいじっぱん)”としていのじんやチョウチョウとともに配置につくが、配置図を見てあることに気づいたシカダイは、勝手に持ち場を離れ飛び出してしまう!

里がデモで混乱する中、新たな技術を用いた忍者の道具“科学忍具(かがくにんぐ)”の研究と開発をしている遠野(とおの)カタスケの研究所が白夜団に襲われる。白夜団はカタスケから、開発中の科学忍具を強奪して逃走。白夜団の狙いにいち早く気づいたシカダイと、シカダイを追ってきたボルトは、逃走中の白夜団を追い詰め、頭(かしら)のゲッコウに攻撃を仕掛けるが、そのとき!?
たとえ弱い“駒”でも、やり方ひとつで強い“駒”と互角になれる――　“将棋”がつないだ“友”同士が目指すのは――?

上忍の伊勢(いせ)ウドンが担当する“第五班”のイワベエ、デンキ、メタルの三人に、火影(ほかげ)じきじきの推薦で、「減少するアカデミー忍術科の生徒を増やすPRのためのドキュメンタリー番組に出る」という任務が言い渡された。白夜団の事件では謹慎期間が重なり、ボルトたち同期の下忍の活躍を見ていることしかできなかった三人は、この番組で自分たちの実力をアピールし評価を上げようと張り切るが、ウドンは、そんなイワベエたちに厳しい目を向ける。

ボルトの叔母、日向(ひゅうが)ハナビが担当する“第十五班”は、スミレ、ワサビ、なみだの女子三人のチーム。その第十五班に「何者かによって開けられた自然公園内の檻から逃げ出した動物たちを捕獲する」という任務が言い渡された。早速、任務にあたるスミレたちだが、その途中ワサビとなみだがケンカをし、スミレは何とかして仲直りさせようとするのだがうまくいかない。　そんな中、たまりかねてひとりで班を飛び出したなみだの前に、恐ろしい猛獣が現れ……!?

“中忍選抜試験(ちゅうにん　せんばつしけん)”――　“中忍試験”とも呼ばれるこの試験は、各隠れ里から有望な“下忍”たちを集めて競わせ、その資質を見極めるために行われる。
幼い頃から一緒に過ごし、同じ班で任務をこなしてきた木ノ葉丸、ウドン、そして紅一点の風祭(かざまつり)モエギは、まもなく木ノ葉隠れの里で行われるこの試験を前に、“担当上忍(たんとう　じょうにん)”として今自分たちが指導している下忍たちを受験させて問題ないか考えていた。この試験で認められた下忍は、現在の“見習い”の身から“一人前の忍者”である“中忍”へと昇格し、より困難な任務にかかわることになるのだが、木ノ葉丸は、何かと騒ぎを起こし、危ないことに首を突っ込みたがるボルトのことが心配で仕方ない。