全話第41話 聖母24分 7日間 275 pt 〜指導者を失い混迷し続けるリオール。その混乱に乗じ軍事的に制圧を目論む軍部。ついに鎮圧部隊は市街に進軍する。そしてスカーは、リオール内乱を利用し、「賢者の石」を完成させようとしていた。
全話第42話 彼の名を知らず24分 7日間 275 pt 〜賢者の石を求めるものは、必ず滅びる。いままた新しい伝説がリオールという一つの街を犠牲に、生み出されようとしていた。大総統の特命を受け、リオールの市街に攻め入るキンブリー率いるキメラ部隊。だが、その前にイジュヴァールでの復讐に滾るスカーが立ち塞がる。
全話第43話 野良犬は逃げ出した24分 7日間 275 pt 〜リオールの街から忽然と姿を消したエドとアル。「賢者の石」となったアルを追って、軍部が、そしてホムンクルスが迫る中、エドとアルはリゼンブールに向け、逃亡を続けていた。
全話第44話 光のホーエンハイム24分 7日間 275 pt 〜リゼンブールに身を潜めているエドとアルの前にあらわれた意外な人物。それは十数年前に家族をおいて行方知れずになっていた二人の父・ホーエンハイムだった。
全話第45話 心を劣化させるもの24分 7日間 275 pt 〜セントラル旧市街。その地下に広がる巨大都市遺跡の一角。向かい合う光のホーエンハイムとダンテ。彼らに纏わる永き因縁。それは、4百年前に遡る。彼らがついに辿りついた、あの日から・・・。
全話第46話 人体錬成24分 7日間 275 pt 〜ホムンクルスとの戦いを決意したエドは、ラースの弱点を手に入れるためイズミの元を訪れる。一方、残されたアルが、賢者の石の使用法を知る為に向かった場所。それはショウ・タッカーの隠れ家だった。
全話第47話 ホムンクルス封印24分 7日間 275 pt 〜賢者の石となったアルを巡り、対峙するエドとスロウス。アルはいまだスロウスに母親の面影を感じ、惑う。侵した罪。本当の贖罪を、自らの手で果たす為、エドは今、スロウスに立ち向かう。
全話第48話 さようなら24分 7日間 275 pt 〜スロウスの構成物質をすべてエタノールに再構築したエド。それは自分達が侵した罪への避けては通れない道だった。一方、北方に送られた部隊では、不穏な空気が漂い出していた。
全話第49話 扉の向こうへ24分 7日間 275 pt 〜連れさられたアルを追って、セントラルに向かったエド。そこで再会したトリンガム兄弟より、エドは、第五研究所の先にあった、『賢者の石』に纏わる、巨大な研究場の所在を教えられる。
全話第50話 死24分 7日間 275 pt 〜ロゼの赤ん坊から出現した門に呑み込まれたエドは、門の向こう側の世界へと飛ばされる。そこは20世紀初頭のロンドンだった。混乱の中、街を襲うツェッペリンから逃げるエド。その頃ダンテはグラトニーにアルを食べさせ、完全な賢者の石を得ようとしていた。アルに襲いかかっていくグラトニー。そして門の向こう側の世界では……。
全話第51話 ミュンヘン192124分 7日間 275 pt 〜大総統邸にてプライドや、事態を聞きつけてやってくるアーチャーと次々に対峙することとなったマスタング。一方ダンテの屋敷では、エンヴィーがホーエンハイムに会うべく門へと消えていく。そしてエドは、大切なものを呼び戻すため、ふたたび両手を打ち鳴らす……。